就在金門的明軍積極佈防的時候，清軍大軍卻停止了軍事行動，施琅的水軍也不再抵近金門島了，由此引發的緊張局勢似乎有所緩解，但是幾乎所有人都有了一種大戰將至的感覺。
清軍也在積極的調配物資，爲登陸金門做好準備，而施琅這個時候卻帶着幾艘清軍的戰船繞過明軍的眼線，向南方駛去。
時間又過去了半個多月，似乎是見清軍暫時沒有進攻金門的打算，所以金門島上明軍的恐慌的情緒稍稍安定了一些，但是身爲金門的最高指揮官鄭經這時候卻絲毫不敢掉以輕心，十餘天之前澎湖的明軍終於趕到了金門，這使得他心中的那絲擔憂消除了一些，鄭經以爲鄭成功既然肯把這支軍隊交給自己指揮，說明他心中並沒有對自己起疑心，或者說目前暫時沒有。
金門的水軍力量加強了之後，清軍的水軍戰船就收斂了很多，明軍水軍取得了金門一帶的海面的控制權，這使得明軍沒有防守清軍登陸的緊迫感，明軍直到等到臺灣的大隊援軍抵達金門的時候，這種情況將會再一次改觀。
但是這個時候臺灣的明軍也遇到了麻煩，從南洋過來的商船傳出消息，說一支由十五艘戰船組成的遠征隊正在北上，這支船隊正是從巴達維亞過來的荷蘭援軍，荷蘭人援軍趕來的速度要比鄭成功預想中的要快上不少，但是他也已經有了一些準備，之前以爲荷蘭人不會派遣援軍過來，所以佈置的那些防禦方案都準備作廢了，這個時候也要重新撿起來了。
鄭成功這個時候染上了熱疾，明軍軍醫和島上的本地醫生都沒有辦法徹底治癒他的這種病，臺灣島上氣候十分悶熱和潮溼，這使得鄭成功身上的許多舊傷備受折磨，加上身患熱疾，鄭成功這幾個月來身形越發消瘦了。
不過鄭成功這個時候思路還比較清楚，他只道自己的大兒子有二心，他自己不願意稱王或者稱帝，也絕不願意自己後人有人僭越，所以特意在澎湖佈置了一支水軍，以防止金門突發變故，後來鄭成功知道自己病體沉重，恐怕久拖難治，因此也不願意引起明軍的內亂，所以在金門有難的時候將自己佈下的這支軍隊還是交到了自己長子的手中，希望他爲了明軍的未來着想，不要爲了一己之私毀了整個明軍。
明軍這個時候已經在臺灣島上面安定了下來，島上空地很多，鄭成功一方面派遣軍士在承天府（原赤嵌城）周邊荷蘭人原有的耕地周邊繼續開墾，一面吸引島上的漢人前來承天府中入籍，吸引他們入籍之後鼓勵他們參與到開墾的隊伍中去，並按每戶二十畝地實行均田制。
臺灣島上的漢人跟原住民高山族等少數民族素有不和，鄭成功令人送信給幾處較大的部落的首領，讓他們下山來接受明軍的調解，這些部落的首領畏懼明軍的軍事實力，不敢不來，鄭成功將自己的調解方案當着漢人代表和部落首領的面宣讀出來，在調解協議中鄭成功規定島上漢人和部族人地位平等，禁止互相毆鬥，違者嚴懲，然後又答應安排傳授高山族人種植的技術和優良的種子，鼓勵他們和漢人進行通商，在承天府中定居，同時向他們部族中進行徵兵。
高山族人這個時候已經稍顯沒落，經過了荷蘭人幾次大規模屠殺之後人口銳減，他們對於明軍的到來本是十分畏懼的，因爲在這之前他們在荷蘭人的慫恿之下殺了不少漢人，因此當明軍登陸之後他們很怕會遭到漢人的報復，這時見鄭成功不與他們計較，還答應傳授他們種植的技術，當然是十分高興，雖然明軍要在部族中進行徵兵，但是這個時候也不由得他們不答應，於是這些個首領互相商量之後就都同意了。
解決了漢人和島上的原住民的矛盾之後，明軍的開墾進展明顯加快了不少，只用了一個多月的時間，便開出了近一萬畝的荒地，這個時候承天府的人口也不過六七萬人，加上之前的一萬餘畝地，明軍的軍田是足夠的，直等到將這些新田引來水渠，灌溉之後便可以種植水稻了，以水稻畝產六百餘斤的明朝平均產量來算，兩萬畝地一次可以產量近五萬石糧食，臺南地區又是處於熱帶地區，普遍一年兩季，年產量就在十萬石左右了，養活承天府的六七萬人是綽綽有餘了。
按照林驥的建議，臺南這一代地勢平坦，雨水充足，應該多開墾田地，以增加產量，將來好養活更多的人口，林驥認爲臺灣島地理位置優越，但是島中的人口數量嚴重不足，制約了明軍的進一步發展，他建議鄭成功派遣明軍多開墾荒地，用以吸引福建浙江、廣東一帶的流民和當地人到臺灣來定居，以補充兵源和稅收。
林驥的眼光看的十分長遠，他敏銳地察覺到了明軍的困局，更是指出了人口對於國家的發展的重要性，鄭成功自然也知道這其中的厲害，他急於解決金門島的戰局就是想在戰事結束之後着手處理此事，派人督辦吸引和轉移大陸人口到臺灣島上的事。
可是眼下荷蘭人的援軍即將到來，這一設想只能暫時延後，不得不等到擊敗荷蘭援軍再說。
荷蘭人的援軍由十二艘戰船，三艘補給貨船，兩艘運兵船組成，一共有一千七百餘人，其中陸軍有九百八十人，荷蘭人的出兵規模比鄭成功預想的要大得多，他了解巴達維亞的情況，認爲荷蘭人不可能派出超過一千人的增援部隊，但是不知爲何，荷蘭人這次的援軍看上去像是巴達維亞的海軍傾巢而出，陸軍也出動了不少。
荷蘭人用了二十多天才航行到了福建一帶的外海，他們在休整了兩三天之後駛向臺灣，明軍這個時候也早已做好了戰爭前的所有準備，水軍將士全部登船準備好出征，士兵們將大量的火炮彈藥搬運上船，明軍將荷蘭人在赤嵌城和熱蘭遮城的城牆上面的幾十門火炮全部拆卸下來放到了大型戰船上面，這種火炮要比明軍之前的水軍戰船所用的火炮要重一些，火力和射程都要強上許多，明軍經過了之前的大海灣海戰之後認識到了自己戰船與荷蘭人的差距主要在於水兵的戰術素養和火炮的威力上面，荷蘭人的火炮射程更遠，威力更大，給明軍留下了深刻的印象。
臺灣島上的明軍水軍這時候有三十餘艘大型戰船，六十多艘小型船隻，可用的戰船數量接近一百艘，但是明軍的戰船質量不高，大船多是福船，適航性不錯抗風浪能力很強，但是轉向和加速性都遠遠的落後於西方的魚形船，加上雙方使用的船帆都大不相同，因此在海上荷蘭人的船能夠更快的速度和更加優良的加速度進入和脫離戰場。
在這個還是前裝火炮時代，火炮的射速十分緩慢，更快的速度意味着戰艦被敵軍火炮擊中的危險越低，生存能力越強，大海灣海戰中明軍被荷蘭人的戰船擊傷的衆多，只依靠火炮和戰艦的數量這纔打敗了荷蘭人的海軍。