華人士兵侵襲騷擾當地居民不是偶然事件，在李明遠的嚴厲命令下，相繼發現五六起華人士兵違反軍紀事件。
隨着調查的深入，發現吸食鴉片的華人士兵有一千多人，而違反軍紀的士兵幾乎全部有吸食鴉片和其他的惡劣行爲。
一支強大軍隊的塑造需要花費幾年時間，而混入部隊中的害蟲則很容易侵蝕軍隊的戰鬥力，毀掉一支部隊。
千里之堤，毀於蟻穴，對於違反軍紀的士兵，李明遠沒有心慈手軟，指示劉樸按照軍法審理，該殺頭的殺頭，該懲罰的懲罰。
三天之內，被查出的一千三百名華人士兵有二百人被判處死刑。其他人等分別被判處不同年限的勞動改造。
審判決定出來後，很多部隊裡的軍官找到劉樸求情，請求對這些士兵從輕發落。可是卻被劉樸一句“審判決議已經交由世子過目”打發走。
李明遠治軍嚴厲，而且劉樸的審判是以軍法爲依據。如果他們敢向李明遠求情，肯定沒有好果子吃，因此，求情的軍官一個個偃旗息鼓，回去提醒手下士兵嚴格遵守軍紀，不要落在劉樸手裡。
一次判處兩百多士兵死刑確實有些嚴厲，可是爲了整頓部隊風氣，殺雞儆猴，李明遠不得不這樣做。
不加甄別地強迫華工加入軍隊，在華工面臨生死存亡的時候是不得已的選擇。
殲滅秘魯南部主力軍隊，和秘魯總統佩德羅達成交易後，李明遠已經認識到，
一支充斥着不同人等的部隊存在的缺點，那就是在部隊勝利的時候，整支隊伍可以凝聚爲一個整體，
可是一旦遇到強大的敵人，隊伍很可能因爲人心紛雜而分崩離析。
爲了解決部隊存在的問題，一個月前，李明遠把部隊重新編組，整編後的野戰軍作爲華人獨立軍的核心力量，戰鬥力稍遜一籌的士兵則劃歸警備軍指揮。
令李明遠欣慰的是，這次被抓獲的士兵絕大部分是警備軍和後勤部隊的士兵，野戰軍只有五六個士兵因爲喝酒耽擱了訓練被罰，這起碼證明了前段時間的部隊整編是成功的，編組起來的野戰軍士兵軍紀比警備軍強的多。
華人獨立軍現行的軍法沿襲太平軍軍法，對於很多士兵違反軍紀的問題界定不清，所以遇到不好判決的士兵違法問題，劉樸還要親自向李明遠請教。
“劉樸，現在的軍法漏洞和不合理的地方不少。你看這一條：士兵頂撞上官，當衆鞭刑十次。”處理完士兵違法問題，李明遠向劉樸指出一處軍法的不合理處。
“世子，軍隊之中上下等級分明，士兵頂撞上官施行鞭刑算不了嚴厲的處罰。以前在天國時，士兵頂撞上官還有直接被判處死刑。”
封建軍隊中，隨意體罰打殺士兵的現象很常見，李明遠要打造的是一支近代化的軍隊，所以必須要廢除落後的封建軍法。
“劉樸，我們的眼光要放長遠一些，
現在不是以前國內混戰爭奪天下的時候，西方列強軍事工業發展迅速，封建式的滿清軍隊在面對西方列強時不堪一擊，我們也要吸取教訓，不光要在武器裝備上追趕西方列強軍隊，在部隊管理上也要向他們學習，
師夷長技以制夷，對於華人獨立軍有好處的方面，我們要認真向列強學習，不能再拘泥於以前的認識。”
列強軍隊強大是有目共睹的事實，大部分華人和劉樸一樣認爲洋人強大是因爲他們武器裝備先進的因素，沒有考慮更深層次的原因。
“這裡是我新編寫的軍法條例，你看看沒有問題的話就公佈出去。”劉樸同
意後，李明遠把準備好的《軍法條例》
拿出來遞給他。
新式軍法總共三十二條，廢除了對士兵具有侮辱性的鞭刑、體罰等條例，取之以禁閉、勞動改造和軍事刑法代替，現階段華人獨立軍沒有穩定的根據地，因此，被判處刑罰的士兵暫時以勞動改造代替。
新軍法在生活方面給予了士兵更大的平等空間，不過在違反軍紀的處罰方面比以前嚴格的多，
臨陣脫逃，強搶婦女，藉故貽誤戰機皆處以死刑。
三十二條軍法不過五六頁紙大小，劉樸認真看完每一條軍法，沒有發現特別突兀的部分，點頭贊同。
第二天，二百多違紀士兵行刑現場，劉樸拿着李明遠編寫的新軍法，大聲道“自古強軍必然紀律嚴明，而下面這些士兵不顧軍法條例，犯下大錯，根據審訊，判處他們死刑。”
劉樸話剛說完，判處死刑的二百多士兵立刻騷動起來，結果被監壓的士兵死死按在地上。
“在行刑前，我宣佈新施行的《軍法條例》：一臨陣脫逃者斬，
二虜獲不實者斬
三劫掠百姓者斬
四貪污軍餉者斬
……”
劉樸一口氣唸完三十二條軍規，緩了口氣，鄭重道“行刑。”
一上午的時間，二百多名士兵先後被執行死刑。
圍觀的士兵第一次感覺到軍法的嚴苛。
這次行刑沒有像李明遠在士兵面前演講時那樣熱鬧。整個行刑過程靜悄悄的，圍觀的士兵眼神中也表現着慎重的神情。
恩威並重，賞賜和處罰同樣重要，“通過這次大範圍的處罰，希望能夠扭轉部隊的風氣。”李明遠躲在行刑不遠處，暗忖道。
處置違法士兵只是一個小插曲，轉進在即，秘魯佔領區的華人都在忙碌着，準備着轉進前的最後事宜。
越是到最後越是忙碌的時候，這幾天，孫彬傳來消息，和秘魯土著交換羊駝的事情很順利，五千只羊駝已經湊齊，過兩天就可以運到阿雷基帕城，
而且華人獨立軍購買的軍火物資也有了消息，明天中午，由普魯士船隊運來的軍火物資會在巴郎卡卸貨，到時候華人獨立軍的武器裝備會更精良。
一切都在有條不紊的進行着，安第斯大草原上，李大威率領騎兵旅正在圍捕一羣羚羊，方明洪騎馬來到他旁邊：旅長，世子規定的時間到了，我們該回去了。
李大威遠眺阿雷基帕城的方向，開口道“是該回去了。”……