宋軍從最不可能的地點突破了城垣，並以極快的速度沿城牆突進，這使得元軍佈置的防線形同虛設，而水軍的進入也使得城內被分割成數個區域，利用城牆苟延殘喘的計劃完全落空，並陷入被圍在城中的危險。
“萬戶，敵軍已經沿御街殺來，我軍傷亡慘重，難以抵擋。”副萬戶李孛蘭奚急匆匆的進入府衙言道。
“你即刻令卡託巴領丁壯三千前去攔阻，一定要將宋軍擊退，守住羅城。”鄭祐大驚道。
“萬戶，那些丁壯臨戰倒戈，殺了卡託巴打開了東華門，放宋軍入城。”李孛蘭奚搖頭苦笑道。
“哦，達魯花赤呢？”鄭祐又問道。
“其見宋軍從南進入，便率自己所轄的親兵護着大批財物和隨從向北門而去。”李孛蘭奚憤怒地道。
“這個混蛋，跑的倒是快！那些廢物已經被酒泡軟了骨頭，金帛消磨了勇氣，根本提不起刀槍了！”鄭祐又氣又急卻無可奈何，而他更擔心的是其一旦打開北門，宋軍趁機入城，那連最後的庇護之地都沒了。
“萬戶，咱們也走吧，宋軍據此已經不遠，那些新徵發的軍戶根本抵擋不了多時。且城中的南人紛紛造反，封堵街道，協助宋軍追殺潰散的兵丁！”李孛蘭奚急道。
“我們往哪裡逃？如今已經團團將城池圍住，根本無處可去！”鄭祐頹唐的坐下，他沒有想到江浙地區僅僅兩個月便全部失守，四個萬戶的鎮戍軍全部被殲，而自己盡徵杭州城中的蒙古和色目人成男男子及所屬各軍戶的男丁近兩萬人守城，可剛剛開戰便已經潰不成軍，如今逃路也被截斷，可以說上天無門，下海無路了。
“萬戶，當下只有北城外尚未發現大股敵軍，尚有突圍的可能，只要我們以快馬輕騎衝到了城外便可收集船隻前往江北，宋軍的兵鋒尚無力觸及那裡。”李孛蘭奚勸道。
“宋軍獨留北門，不會是計吧？”鄭祐有些懷疑地道。圍三厥一這也是蒙古人常用的攻城戰術，他自然十分清楚，若是此刻出城可能會被隨後追殺，而那時兵敗如山倒，根本沒有還手之力，只有全軍覆沒一途。
“報，城中官吏和族民及敗兵集於北門要開城門出城，鼓譟起來，守城軍兵禁止不住，還請將軍示下！”這時有軍士進來稟告道。
“擅闖城門者與通敵同罪，斬！”鄭祐下令道。
“報，杭州達魯花赤索拔覩將軍下令打開艮山門，守門千戶不敢禁止，已經打開城門！”這邊的還沒走，又有軍士稟告道。
“馬上令他們拉起吊橋，關閉城門，不要中計！”鄭祐大驚道。暗恨這貨吃嘛都要吃頭份兒，逃跑也要拔頭籌，其這一跑軍心不穩，這仗沒法打了。
“萬戶，關不上了，守城的軍兵也被敗軍捲走了！”送信的軍士哭喪着臉道。
“萬戶，宋軍已打過六部橋，前鋒已距萬戶府不遠。”
“敵水軍業已進入市河，欲切斷我們的退路！”
“萬戶，宋軍已經佔領外城城牆，奔羅城而來！”
“萬戶再不走來不及了，快走吧！”壞消息一個接一個，李孛蘭奚大急道。
“好，整軍突圍！”鄭祐也知事不可爲，咬咬牙擠出幾個字道。
鄭祐和李孛蘭奚各自急匆匆的集結好親兵隊出府上了御街向北門而去，只見沿途皆是匆匆向北奔逃的人羣，他們或是騎馬，或是坐車，扶老攜幼呼爹喊娘悽慘無比，而路旁倒臥着不少傷兵無人救護，甚至行至身邊也無人看他們一眼。可誰能想到前些日子他們還在城中耀武揚威，作威作福，打發橫財。
越往前走愈加混亂，能在羅城中居住的非富即貴，逃難也像是在搬家，不僅馱馬上載着金銀細軟，後邊的大車上面還拉着大包小包。大家爭先恐後的往前擠，誰也不肯讓路，將一條御街堵得死死的，但仍有人不斷的加入逃離的隊伍。
“宋軍追上來了！”突然後邊有人喊道，而火槍的射擊聲也是一陣緊似一陣，這喊聲就像油鍋中倒進了水，一下炸了鍋。因爲大家都清楚宋軍對待蒙古人和色目人一向採用趕盡殺絕的政策，大小官吏一律處死，女眷收官；商人的財物也是盡數沒收，收官做苦役。所以不過一切的爭相逃命，攔路的車被掀翻，甚至刀槍相向互相殘殺。
鄭祐和李孛蘭奚兩人此刻也顧不得許多了，領着親衛們在人羣中刀砍馬踏‘殺’出了一條血路，衝出了城門，很快追上了先行出城的杭州達魯花赤索拔覩。可兩人見到其並未感到親切，反而憤恨不已，當初杭州萬戶府四個萬戶皆被殲滅，爲了守城他強令城中各萬戶、千戶所屬家奴及親兵皆編入軍中守城。但當下其卻保留了自己的直屬親兵數百人，護着其的家小和財物搶先出城。
兩人回頭看看，只見宋軍已經出現在城頭，蜂擁而出的逃難人羣不斷倒在宋軍的彈雨之下，逃命的人羣仍然瘋了似的衝上吊橋，一些人被擠下吊橋，而有的見無路可走不顧一切的跳進護城壕中，被川急的水流沖走。可自身難保之下他們也愛莫能助。但他們出逃不過十里，便見東南方向塵土飛揚，宋軍的騎兵從側後殺到……
……
趙昺的臨時行宮裡不斷有通信兵進出，他面前沙盤上的小紅旗越來越多，藍旗卻不斷的被拔掉。各軍以摧枯拉朽之勢奪下城牆，將敵潰兵驅出城去，戰至未時已經控制了各城門和城中的要地，佔領了府衙。張世傑令各部轉入清剿殘兵，打掃戰場，封存倉廩，安撫百姓的階段。傍晚時分戰鬥已經結束，全城宵禁，各軍皆派出巡邏隊巡視，防止有潰兵作亂，地痞潑皮趁火打劫。
一夜無事，趙昺下旨以陸秀夫暫領臨安府尹，倪亮爲臨安鎮撫使。次日清晨陸秀夫率領文武入城撫民，處理善後，統計軍功。五日後決定由護軍一旅負責臨安城防，親軍旅則接手羅城和皇城的警戒，二旅移駐秀州，三旅調防錢塘及仁和兩縣，五師移駐紹興府。
政事和軍務趙昺皆交由陸秀夫和張世傑兩人負責，而城中尚未準備好，他只能仍留在錢塘，不過他也沒閒着，忙着在醫藥院安撫傷兵，指導救護工作。由於這次打的是城市攻防戰，雙方發生激烈的近戰，箭傷和刀傷佔據了多數，可這次與以往不同的是很多人染上了‘瘲瘛’之症，導致許多傷者死亡。
趙昺作爲‘醫療專家’自然要參與治療，而他從未聽說過這瘲瘛之症，在聽到郝雲通的介紹後，他得知早在魏晉南北朝之前，就有史書記載了這種病的症狀，據說南北朝時期的昭明太子就死於外傷引發的瘲瘛之症。而前漢有一書，名《金創瘲瘛方》，其中的金創即是受金屬利器所致的開放性損傷，而瘲瘛指的是受傷後引起的症狀。通常表現爲肌肉緊張，伴有手足痙攣、抽搐等，明顯區別與一般的外傷感染。
可趙昺在看過發病者後心一下就懸起來了。只見患者常有坐立不安與煩躁易怒，症狀常爲牙關緊閉，頸部肌肉強直。數小時內，痙攣擴散至其他肌肉。面肌痙攣可引起口脣縮攏或口角內縮呈痙攣性“苦笑”。當疾病繼續進展時，全身持續性強直狀態呈現發作性加重，伴有劇烈的痙攣樣疼痛，呼吸困難與大量出汗，這明明就是‘破傷風’啊！
在現代趙昺小時候在室外玩耍，手腳不小心被生鏽的東西扎破，父母總會嚷嚷着要打針，那時他還不理解明明只是一個小小的皮肉傷，止血包紮消毒還不夠嗎？等參加工作後，整天與鋼鐵打交道，免不了被碰傷、劃傷，去醫院處理傷口依然必打這種‘破傷風針’，而他在看過一位發病的工人後也瞭解到這種病的危險性，這是一種死亡率非常高的病症。
據趙昺所知破傷風之所以難治是因爲它的特殊性。不同於常見的感染，破傷風的致病菌破傷風梭菌是一種厭氧菌。這種細菌只能在缺氧的環境中生存，例如人類和動物的腸道當中。若暴露在氧氣充足的環境下，破傷風梭菌就會發生形態上的變化，生出芽胞。破傷風梭菌的芽胞抵抗力驚人，經糞便傳播，其能在土壤中存活數十年，還十分耐高溫，耐得住沸水的高溫。因此，破傷風梭菌在自然和居住環境中都是廣泛存在的。
但破傷風梭菌本身不具有侵襲力，並且只在壞死缺氧的組織中繁殖。但它能產生一種人體極爲敏感的神經毒素，並在菌體裂解時釋放。所釋放的神經毒素一般被稱爲破傷風痙攣毒素，毒性極強，僅次於肉毒毒素，導致的症狀就是肌肉只會收縮，卻不能正常舒張，長期維持緊繃的狀態。患者最終往往死於呼吸衰竭導致的窒息、心力衰竭。
實際上感染破傷風需要幾個特殊條件。第一個當然是傷口受到了破傷風梭菌或者其芽胞的污染。第二個則關乎傷口的形態，一般而言，創口開放且較深，內部伴有組織失活的外傷才容易形成缺氧的環境引發破傷風。滿足這兩個條件，破傷風梭菌才能順利侵入人體。
讓趙昺感到驚訝的是雖說古人尚無法瞭解破傷風的這些致病原理，可是他們通過觀察也找到了一些規律。他們發現被沾染了污物的槍矛和箭矢重傷後的兵丁死亡率非常高。既然無法消滅猛獸，不如將猛獸趕進敵人的軍營。所以這些規律除了可以幫助預防破傷風的發生，還有一項重要的作用——殺敵。
而以古人的認知，想要破傷風梭菌發揮最大的作用，必然要創造一個的傷口，用這樣的標準去尋找，無疑穿刺類的武器更適合利用破傷風。最典型的就是弓弩類武器，單純穿刺，只要命中就是一個半開放式的深創。可他們沒有什麼無菌操作的概念，一般就包紮上點金瘡藥，手狠一點的就拿烙鐵燒灼止血。這樣的傷口環境簡直就是破傷風的理想家園，因此破傷風梭菌無意間成了古人在戰場上殺人利器，中招的士兵將會經歷萬分痛苦的死亡過程。
弓弩手往往在擺開陣型後通常有一個習慣：將箭袋中的箭支悉數插入腳邊的泥土裡。這種做法一個是更方便取箭，提高射速，另一個是讓箭頭沾染上泥土中的污物，提高命中非要害部位後的感染致死率。這一招的威力不亞於使用某些慢性毒藥，輕則感染喪失戰鬥力，重者引發破傷風一命嗚呼。
無獨有偶，擅長騎射的蒙古人也有獨家的秘方。只不過和西方長弓兵定點射擊不一樣，騎射手不方便就地取材用泥土污染箭頭。他們在保存箭支的方法上大膽創新，採用馬糞“滋養”箭頭，深加工之後會集中放到用牛胃做成的袋子裡保存，這一步步的操作讓箭頭上充滿了各種細菌，當然也少不了破傷風梭菌。
據郝雲通所言得了金創瘲瘛者死者可達六成以上，趙昺聽了很是憂慮，三分之二以上的死亡率這對自己來說也是難以承受的，畢竟那些受了並不致命傷的兵丁恢復後都是有了戰鬥經驗的老兵，成爲軍中的骨幹。在現代只要幾塊錢的一針疫苗就能挽救一條生命，但現在自己卻束手無策，而讓他心裡難過的是李三娘也手臂中箭，同樣存在感染的風險。
不過趙昺知道破傷風桿菌本身並不致病，只有當細菌大量繁殖，其產生的毒素進入血液後纔會引起破傷風。而細菌大量繁殖的條件是缺氧，這種缺氧環境一般只有在傷口外口較小、傷口內有壞死組織或血塊充塞、局部缺血等情況時纔會發生。因此受傷後正確處理傷口、破壞受傷部位的缺氧環境是預防破傷風的關鍵。
所以趙昺讓郝雲通指導醫士們首先對傷者的傷口進行嚴格的清理，對感染的傷口重新清創消毒，消除膿腫，切斷髮病的渠道；另一方面他召集衆醫士商議治療方案，自己搜腸刮肚的回憶前世所知，試圖找出個在此時可用的方法……