左宗棠總是以自己是一個好農夫而極端自豪，他對促進甘肅的農業發展具有濃厚的興趣。他積極辦學，既爲回民，也爲漢民。由於所有書本都在戰爭中毀失，他在西安建立了一所印刷廠，木刻刊印《四書》全本，自己掏腰包支付費用。他堅信人們應該汲飲儒家智慧之泉，堅持讓回民在他的學校裡學習孔孟之道。他還致力於改造蘭州城，有效地改變了城市風貌，以至於在這位偉大的總督去世以後很久，蘭州城貌仍然引得旅行者注目。
他的興趣和關注遠遠超出了總督本職工作範圍。他對俄國的蠶食感到十分不安，非常關心日本方面新的發展。俄國人以伊犁地區動盪不安爲藉口，於1871年侵佔了伊犁，並照會中國政府：他們的目的只是爲中國代管，直到中國人有能力維護該地區的秩序爲止。1873年初，總理衙門（外交部）寫信給左宗棠，詢問有關伊犁問題的看法。左宗棠回答如下：
上年曾兩奉鈞諭，並與俄使辯論各節及折稿，謹聆一是。因察訪關內外兵事，久稽奉復。元日復奉上臘十九日尊函並疏稿，及與俄使議論各節略，俄人久踞伊犁之意，情見乎詞，尊處持正論折之，實足關其口而奪其氣。惟自古盛衰強弱之分，在理而亦在勢。以現在情形言之，中國兵威，且未能加於已定復叛之回，更何能禁俄人之不乘機竊踞？雖泰西諸國亦知此爲不韙，不敢遽肇兵端，然既狡然思啓，必將不奪不饜，恐非筆舌所能爭也。
榮侯深入無繼，景都護兵力本單，後路諸軍久成遷延之役，兵數雖增，仍多缺額，且冗雜如常，並無鬥志，望其克復要地，速赴戎機，實無把握，並慮徒增擾累，以後更苦無從着手。甘、涼、肅及敦煌、玉門，向本廣產糧畜，自軍興以來，捐派頻而人民耗，越站遠而牲畜空。現在僅存之民，已皮骨俱盡，屯墾之地，大半荒蕪，年復一年，何堪設想！宗棠所以有從內佈置、從新籌度之請也。
就兵事而言，欲杜俄人狡謀，必先定回部，欲收伊犁，必先克烏魯木齊。如果烏城克復，我武維揚，興屯政以爲持久之謀，撫諸戎俾安其耕牧之舊，即不遽索伊犁，而已隱然不可犯矣。烏城形勢既固，然後明示以伊犁，我之疆索，尺寸不可讓人，遣使奉國書與其國主，明定要約，酬資犒勞，令彼有詞可轉。彼如知難而退，我又何求？即奸謀不戢，先肇兵端，主客勞逸之勢攸分，我固立於不敗之地。俄雖國大兵強，難與角力，然苟相安無事，固宜度外置之。至理喻勢禁皆窮，自有不得已而用兵之日，如果整齊隊伍，嚴明紀律，精求槍炮，統以能將，豈必不能轉弱爲強，制此勞師襲遠之寇乎？
就餉事而言，西征諸軍各有專餉，如肯撙節支用，無一浪費，無一冗食，或尚可支。今乃以擁多兵爲名，不戰而坐食，惟知取資民力，竭澤而漁，不顧其後，往事之可睹者，
已如斯矣！欲從新整理，非亟求實心任事之人，重其委寄，別籌實餉，於肅州設立總糧臺，司其收發，並將各軍專餉歸併爲一，相其緩急，均其多寡應之不可；非核其實存人數，汰其冗雜疲乏不可；非定採辦價值、差徭款目不可；而尤非收回各軍專奏成命不可。此亦宜及早綢繆者。
要之，目前要務，不在預籌處置俄人之方，而在精擇出關之將；不在先索伊犁，而在急取烏魯木齊。衰病之軀，智慮耗竭，何敢侈陳大計？既蒙垂詢及之，不敢不畢獻其愚。
在一封有關日本的信函中，左宗棠注意到了他們迅猛的西方化，特別提到了他們的海軍。他強烈呼籲跟日本人建立自由而無限制的關係，總之要培育與所有西方國家的交往。他認爲必須積極地接觸外國人，取得平等的地位，維護國家的威望。［7］
左宗棠一直關注着他在福州創建的船政局，持續瞭解那邊的每一步進展。他甚至建議福建省把本來應該爲他在甘肅的部隊提供的軍餉截留一大部分，用於推進海軍工程。他的活動與興趣範圍表明他有驚人的能量，我們尤其不能忘記，他已經過了60歲。
肅州是甘肅回民軍最後的根據地。他們的堡壘一座接一座傾倒，每倒下一座，就會有許多幸存者逃向其他中心。就連河州也有許多回民不滿馬佔鰲的投降，跑到了西寧。在西寧易手之後，許多幸存者逃散於西寧以北地區，大通一時成爲東干人的活動中心。這個山區的大雪使作戰非常困難，但劉錦棠揮師急進，使回民軍無暇休整。1873年2月，西寧回民軍首領馬桂源投降，被押送到蘭州，在這裡被處以磔刑，這是處置特大罪犯的刑罰。
此年春季，來自整個陝甘的數萬名回民軍餘部出現在肅州地區。在1871年晚秋，蘇佔彪已經回到了他那支奉命從中衛前往甘州解圍的6000人的部隊。他於1872年從涼州推進到甘州，在河州易手之後得到了若干增援，得以開進肅州地區。此年秋季，他跟著名的陝西回民白彥虎交手苦戰。白彥虎肯定不是等閒之輩。從陝西到喀什噶爾，他一直與左軍作對。在10年的苦鬥中，他從未試圖防禦一座城市，從未讓自己遭到包圍，總是在左軍合圍之前就溜走了。他在西寧時，發現這座城市不可避免被圍，便拍屁股走人，到北面去阻擊蘇佔彪。
1873年2月，左宗棠開始大規模向肅州地區調兵。金順從寧夏西進肅州。張曜駐紮在涼州以北的鎮番。宋慶、楊世俊、陶生林和其他將領在官道上前進，通過涼州、甘州和高臺。自從漢代以來，這條路就是中隊和影響力進入中亞的主動脈。蘇佔彪在春季已經封鎖了通向肅州的道路，切斷了所有的供給。宋慶於5月份抵達肅州。這時左軍的兵力已足以對該城合圍。
肅州的城牆堅固異常，四周有寬濠環繞，深逾40英尺。城東有一座圍牆的附城，名叫東關。在中國的圍城當中，肅州獨具一格，沒有西城門。蘇將軍於7月13日把保護附城的城牆炸開了一個長約100英尺的豁口，試圖佔領附城。他的攻擊預備出了紕漏。他未能安排部隊迅速跨越壕溝，於是被守軍擊退。然後他設法用土和岩石把壕溝填平了一大段，修築了一條通向城牆豁口的道路。7月30日，他在金順和宋慶的協助下猛攻東關。回民軍關閉了進入主城的大門，讓門外的守軍拼死抵禦。部隊執行了主帥的命令。蘇佔彪經過慘烈的近身肉搏戰，佔領了附城，斬殺了回民軍大將馬得振及其全部部屬。蘇將軍在戰鬥中左腳負了重傷。左軍在東關城牆上修築起炮臺，俯瞰肅州主城，使回民軍大爲震驚，於8月19日拼死反攻，企圖奪回附城。蘇佔彪差一點被趕出附城，多虧得到迅速的增援，才站穩腳跟。《年譜》作者說他緊扎傷腳，不顧痛楚，始終在指揮戰鬥。
在此關頭，指揮體制的中國特色凸顯出來，有可能使肅州周邊的作戰延緩下來。金順是滿人將領，是爲數極少的幾個與左宗棠相處融洽的滿人將領之一。但是，作爲一個滿人，他並不直接隸屬於左宗棠。在理論上，他直接聽命於皇帝。他喜歡左宗棠，從不給左總督添亂。可是白彥虎率領一大支攻擊部隊出現在肅州以西的敦煌，皇帝命令金順西進攻剿白彥虎，同時命令左宗棠爲這路兵力提供所有軍需和運輸。左宗棠向皇帝奏報，說他這裡離不開金順，而且無論如何也無法維持這路兵力的軍需。他說，白彥虎總是四處遊擊，不必爲他感到不安。如果金順移師敦煌，白彥虎在金順趕到時肯定會跑得更遠。金順沒有西進，但在幾周內給戰局注入了不確定的因素，毫無必要地影響了作戰的指揮。
左宗棠覺得他有必要親臨肅州，於1873年9月10日離開蘭州，於10月3日抵達肅州。第二天，他親自巡視城市周邊的所有工事。《年譜》作者說，當肅州回民首領馬文祿看見左宗棠的旗幟在肅州城四周移動，他就絕望了。10月5日，他派人向左宗棠求降，提出的條件是將他的部隊編入清軍，他會率領肅州回民攻剿白彥虎的部隊。左宗棠斷然拒絕他的請求。10月6日，左軍發起全面攻擊，但在每一處都被擊退。
蘇佔彪已經在東城牆下兩處以及東南角上埋設地雷。東城牆下的一處地雷於10月7日引爆，在城牆上炸開了缺口，蘇佔彪試圖從缺口突入，被守軍擊退，損失慘重，副將陣亡。10月10日，另兩處地雷埋妥，同時引爆。突擊部隊到位，試圖佔領兩處缺口。將領楊世俊和500名官兵在東南角上的缺口處陣亡，而突擊東城牆缺口的部隊遭到重挫，被迫退回。
左宗棠認爲強攻代價太大，而時間對敵軍更重要，他可以用飢餓來逼迫敵軍投降。他下令環城修築壕溝與壁壘，要達到“不容一鳥飛出”的堅固程度。
回民軍陷入了悲慘的處境。糧荒從仲夏就已開始，如今飢餓已讓城內居民付出了沉重的代價。左軍的大炮在不斷地轟擊。幾周以前，左宗棠就把專家賴長調來肅州，爲他的炮兵擔任顧問。他在這裡試驗他在蘭州製造的槍炮和彈藥。他說他使用了蘭州造的2400發炮彈，對效果甚爲滿意。劉錦棠於10月30日從大通趕來，左宗棠兵勢大增，他在考慮再發起一輪總攻。
1873年11月4日，馬文祿單獨來到左宗棠的大營投降。左宗棠當面告訴他：他可以投降，但他不會得到寬恕。接着，左宗棠命令所有甘州、西寧、河州與陝西的回民出城，把他們分派到不同的堡壘中。他從這些回民中選出1573名較爲勇健的男人，下令處死。馬文祿及其他8名被認定爲首領的回民，被處以程度較輕的磔刑。11月12日，左軍開進肅州，屠殺了4000回民。900名老人和婦孺留下了性命。以上的數據都是《年譜》提供的，但人們普遍認爲死於肅州的回民人數超過了這些保守的統計。《年譜》作者說先前有3萬名非回族中國人住在肅州，但在該城易手時只有1100人離開。所有活着的造反者被運送到甘肅東部，沒有一個回民留在肅州。
那時候長城是甘肅的北部疆界，末端是肅州以西約20英里的嘉峪關。往北就是蒙古，而嘉峪關以西是新疆。隨着左軍攻佔肅州，陝甘的回民運動落下了帷幕。左宗棠曾於1868年9月25日向慈禧太后奏答，他需要5年時間平定陝甘，看來當時他的猜想非常接近實際。他於1868年11月26日抵達西安，從那時起直到1873年11月12日最後戰勝肅州的回民軍，只比他估計的時間少了兩週。
註釋：
［1］《年譜》，第6卷，第3頁。
［2］《年譜》，第5卷，第4頁。
［3］《年譜》，第6卷，第13－18頁。
［4］安德魯斯：《中國西北的回教勢力》，第85－86頁。
［5］普瑞捷瓦爾斯基：《蒙古》，第2卷，第135－136頁。
［6］安德魯斯：《中國西北的回教勢力》，第86頁。
［7］《年譜》，第6卷，第12（a）頁。