奴隸的身份轉化問題，在這個時代幾乎不可避免，馬尼拉地區也同樣有大量來自東非、西亞、南亞等地的奴隸人口。據總督府裡查抄出來的檔案記錄，目前至少有超過兩千八百名登記在冊的奴隸生活在馬尼拉灣周邊地區，而實際數字肯定還在此之上，因爲按照過去西班牙殖民政府對奴隸的管理制度，這些通過官方渠道進入本地市場販售的奴隸，奴隸主都已向馬尼拉當局繳納過稅金。而爲了省下這筆錢，不少奴隸主也會設法偷偷走私人口入境，“黑戶”的存在這裡也是很普遍的現象。
在西班牙統治時期，奴隸脫籍得到自由身可以說是概率非常小的事件，一般來說他們都不得不以下等僕從或者苦力勞工的身份爲主人服務到自己進墳墓的那一天，只有極少數的幸運兒能夠得到上天的眷顧。
海漢接管這裡之後，一部分奴隸的主人已經在戰爭中死去，這些奴隸也就得以自動脫離了奴籍，成爲戰後的首批自由民。當然這種自由也只是相對而言，在海漢管理之下的馬尼拉地區，可不是誰都能想來就來想走就走。即便是自由民，也還是需要在海漢民政部門重新登記身份，今後想要獲得海漢籍，就少不了得有官方收錄的個人基本資料。
海漢官方對於人口貿易的態度一向比較曖昧，不公開支持但也不會明確反對，對於西班牙人引入到馬尼拉地區的奴隸人口，海漢當然是照單全收。不過這數以千計的奴隸要分門別類，覈對資料，重新登記造冊，對邱元主管的民政部門來說也是一個挺麻煩的工作。
對於沒有主動與海漢軍進行武力對抗的本地人，包括西班牙移民在內，海漢原則上還是承認其財產所有權。而這些奴隸，按照現行的法律來說，也是私人財產的一部分。但本地民衆大多對新統治者的管理措施抱有疑慮，再加上有語言文化的隔閡，對馬尼拉地區的人口統計工作進行得十分緩慢。邱元也不得不先參照西班牙殖民者所留下的資料，來修訂自己的施政措施。
按照邱元的構想，接手馬尼拉地區的行政工作之後，有兩項必須要抓緊時間進行的工作，一是完成對本地人口狀況的調查和登記，二是儘快組織人手恢復社會生產。製造更多的就業機會，讓民衆不需要去考慮改朝換代對自己生活帶來的負面影響，是邱元最主要的施政方針之一。
海漢在過去數年中使用或硬或軟的手段從各國奪取了不少土地，也多次組織過戰後的社會秩序恢復工作，自有一套比較成熟的操作方案。邱元帶來的人手不多，便從本地臨時選拔了一批漢人負責具體的民政事務，一邊培訓一邊帶着他們實習操作，雖然仍是有些磕磕絆絆，但總算是要勝過了軍方的外行。
馬尼拉本地的產業以商貿、糧食、香料爲主，但西班牙人的農業科技水平與海漢相比差距極大，以前的殖民政府對農業開發又沒有一個科學的長期規劃，因此本地的農業仍然是很粗放的經營模式，農產品品種較爲單一，也缺乏對其進行深加工的設施。但即便如此，農業仍是本地的重要支柱產業之一，根據西班牙人的統計資料，本地的農業人口約莫佔了總人口的七成左右。
海漢農業部的高官們參考了後世這一地區的開發經驗，準備在馬尼拉附近的平原地區大量引種咖啡樹、菸草、甘蔗、油棕等經濟作物，並建立起農業深加工產業鏈，以提升本地農產品的經濟價值。而由民政機構從本地通過調查統計清理出來這些背景比較乾淨的民衆，包括那些已經擁有了自由身的奴隸，大多會在接下來的幾年中被投入到農業開發中充當勞動力。
不過這個計劃要見到真正的成效，至少也是兩三年之後的事情，目前所能做的只是將城內外的閒散人員先組織起來，讓他們恢復生產勞動，這樣也有利於穩定本地的社會治安狀況。
邱元的目的很明確，既然本地是農業人口所佔的比重較大，那麼只要讓這部分人能有穩定的生計，本地的局面也就不容易生亂了。而爲農業人口創造就業崗位，這正是海漢所擅長的統治技能之一。以馬尼拉灣北部平原地區的自然條件，好好規劃一下，養活百八十萬人也不在話下。
恢復本地的商貿產業，對海漢來說就更是輕車熟路了，馬尼拉本身就是一個傍海而建的貿易港，如果不是海漢在前幾年橫空出世，馬尼拉此時也是南海的主要貿易中心之一，與荷蘭人經營的巴達維亞應該相差無幾。有這樣得天獨厚的自然條件，善於經營港口的海漢當然要設法將這裡打造成一個類似於三亞的自由貿易港。這就意味着會有許多基建工程和工作崗位，同樣也需要在本地徵集大量勞動力。
在邱元抵達馬尼拉幾天之後，街頭便開始出現了官府要在本地大量招募勞工的告示，內容用漢字與西班牙文雙語寫成，凡是想求一份工作的本地人，都可以在指定時間前往指定地點，登記個人資料後便能得到工作分配的機會了。即便是剛剛脫離奴籍的人員，也會得到一視同仁的待遇。
對於戰後惶惶不可終日的本地人來說，這些招募告示無異於是新生活的開始，只要戰亂終止，能得到一份可以養活自己的工作，那麼誰來擔當馬尼拉城的統治者，似乎也不是什麼要緊的事情了。
告示貼出到街頭的第一天，便有超過五百人前往官府指定的報名地點登記，唯恐錯過了這個機會。而當官府履行了告示上的待遇，在登記資料後立刻爲這些人分配工作的消息傳開，更多原本持觀望態度的民衆也坐不住了，紛紛前去爲自己爭取一份生計。到第三天的時候，官方所登記的人數已經突破兩千，其中約莫一半的人被分配到了馬尼拉港，對這裡的碼頭設施進行改擴建。其餘的人則有大部分都被派去城北新近成立的國有農場，在那裡開墾新的農田，以栽種農業部所規劃的各類經濟作物。
西班牙人佔領時期，馬尼拉港的碼頭規模其實也已經不算小了，鼎盛時期的馬尼拉艦隊駐防在這個港口，所佔用的碼頭也不過才整體的三分之一不到而已。只是西班牙人對碼頭的開發建設受這個時代的生產力和造船水平所限，根本沒考慮過會有海漢所能建造的這種大型帆船進入港口停靠，在泊位的設計上依然趨於保守。此外港口上也沒有什麼大型設備，不像海漢自家經營的港口，既有便捷的幹散貨吊裝工具，又有由海到陸的碼頭軌道運輸系統之類可以提升裝卸貨效率的港口設施。
要擴大這裡的貿易規模，邱元認爲首先就應該提升港口的貨物吞吐能力，而他在實地考察了馬尼拉港之後，認爲舊有的狀況顯然不適合海漢的經營標準，所以必須要先對港口碼頭進行一定程度的升級改造，讓這個海上門戶能夠保證貨物進出港的暢通無阻。
當然了，要進行邱元所設想的改造，工程量也小不了，按照估算至少要有三至六個月的工期，而且還得分階段施工，以保證馬尼拉港在施工期間依然能夠維持正常的運轉。於是這在帶來了大量工作崗位的同時，也給新上任的邱元帶來了不小的經費壓力。即便是按照最便宜的的工程造價標準來計算，馬尼拉港的改造工程所遇花費也得百萬之巨，而執委會批給他的建設經費相差太大，能把一期工程搞完就算很節儉了。
好在邱元對於這種狀況也有所準備，這次從三亞出發的時候，同行的船隊中除了各個部門的基層官員之外，還有來自大明、安南、葡萄牙等國的商人。這些在戰後第一時間就去往馬尼拉的外國商人，目的自然是爲了要早點過去搶佔地盤，在新興殖民地能夠得到什麼樣的好處，他們在過去幾年中早就已經嘗過甜頭了。而他們能得到這個機會，也是因爲與海漢官方的關係頗爲密切，才能提早得到這些內部消息。
當然這種“照顧”並不是單方面的，既然要從海漢新近佔領的殖民地撈取好處，那也得付出一些交換條件，比如說掏錢贊助當地的的港口設施就是其中一種。邱元把這些商家召集起來開個會，表露了修建港口的資金有些不足，不過今後港口建成，會優先向那些在此期間作出貢獻的商家分配碼頭和倉庫。於是各家便心領神會，果斷捐錢捐物來表示對官府的支持，不過一天工夫，就基本解決了工程資金缺口的問題。
而商家由此所換得的回報可不僅僅只是限於港口碼頭這點福利而已，接下來在內陸地區進行的農業開發，這些出了血的商家也同樣擁有了優先圈地和選擇經營項目的待遇。
農業部已經爲他們準備好了多個以千畝爲單位的種植園項目，就等着這些商家自行挑選之後前往北方內陸圈地實施。類似的合作已經在海漢的其他統治區實施過多次，雙方對此都已經駕輕就熟，在流程上也沒有什麼需要擔心的東西。目前農業部的計劃是儘快完成前期的圈地和種植項目確定，然後便從海南島的育種基地將種苗運來這邊，力爭在今年國慶之前就讓第一批種植園投入正式運營。
而對於呂宋島上的諸多礦藏，目前還暫時騰出不足夠的人手去進行開發，邱元就是有再多的想法，當下也只能先對着地圖眼饞着。執委會倒也沒有要求他拿出一個具體的開採時間表，年內先將馬尼拉這邊的局面穩住，讓各項管理工作逐步進入正軌就算是能交差了。
在羅傑的部隊離開一週之後，哈魯恭帶着騎兵營也撤離了馬尼拉，先返回海南島進行短期休整，然後再前往遼東地區，正好趕上開春之後可能會爆發的交鋒。騎兵營這次來馬尼拉雖然未立下什麼大功，但收穫卻也不小，除了國防部給予的軍費獎勵之外，哈魯恭還帶走了從本地牧場蒐羅到的四十多匹安達盧西亞幼馬。如果不是顏楚傑發話要留一批戰馬在本地，他大概會連戰後繳獲的西班牙戰馬也悉數裝船帶走。
騎兵營撤離之後，此次出征馬尼拉的海軍艦隊也啓航各自返回駐地。王湯姆親自率領陸戰隊北上，如今唯一能讓他這支部隊繼續練兵的地方，大概也就只有遙遠的黃海渤海地區了。不過除了後金這個對手之外，王湯姆自己還有一些別的打算，只是目前時機尚未成熟，王湯姆也就以練兵爲先，積累作戰經驗慢慢做準備。
最後一支離開馬尼拉港的特種部隊便是錢天敦的特戰營了，國防部長顏楚傑也隨他們一同返回三亞。作爲此次攻克馬尼拉的最大功能之臣之一，特戰營將在返回三亞時接受民衆的迎接，並參加執委會爲此專門準備的慶功大遊行。當然了，錢天敦和特戰營上下期盼已久的編制升級，也會在活動期間作爲對這支傳奇部隊的獎勵正式對外公佈。
不過在特戰營撤離馬尼拉之前還有一個小小的插曲，那就是海漢悄悄釋放了西班牙人阿拉貢內斯，並調派了一艘西班牙商船給他，讓他可以去往南海地區其他仍在西班牙統治下的殖民地。阿拉貢內斯在被抓捕之後選擇了與海漢合作以換取自由，而海漢最終也履行了這個約定。只是阿拉貢內斯的菲律賓總督身份自此已經名存實亡，而且今後可能還會遭受來自西班牙國內的治罪，就算從海漢這裡恢復了自由身，以後也未必能夠再過上舒心的日子了。