盧循正自得意之際，忽有探子來報說劉裕已回到建康。這讓他的衆黨與都相顧失色。盧循有了退意，說道“劉裕極善用兵，我們繼續前進怕有不利。既然我們已得尋陽，不如再攻下江陵，稱雄一方，然後西聯譙縱，與東晉抗衡!”徐道覆說“不可，如今之勢有進無退。劉裕北伐剛回，精兵猛將損傷不少。我們連戰皆勝，戰士已達十餘萬，以此衆直取建康，勢如破竹。兵士們不惜犯死、攻堅力戰，就是圖的入建康取珍寶財富。如果退守一方，只怕軍士解體，日子一久又使劉裕養成勢力。到時我們恐怕又要去做四處奔逃之賊了。自主公孫恩死後，我們辛苦七載才走到今天，萬不能放棄垂成之功業啊！”盧循猶豫幾日後，最終聽從了徐道覆。
何無忌死難，再加上劉毅大敗，舉朝震恐。而劉裕伐燕，軍士又死傷過萬，病者數倍之，堪再戰者甚少。好在諸葛長民、劉毅弟劉藩等迅速將兵入衛建康，但合兵才萬餘人。劉裕不得不出重財募兵，集兵聚於石頭城。有部下建議到“妖賊來犯，我們應當分兵守住各要害。”“不，”劉裕搖頭說道“賊衆我寡，分兵更弱，且能使敵測我虛實。若一處失利，怕軍心因此沮喪，導致處處皆敗。現集衆兵於石頭城，每日都有應募者前來，可使敵不知我兵之數。臨戰之時再隨機分兵亦不爲晚!”
諸葛長民與司馬德宗都爲賊所嚇破了膽，長民說道“賊衆大舉，已近建康，此地怕是難以保全了，我們還是趕緊奉送皇帝北渡長江以避賊勢吧。先保住晉朝社稷，再緩圖平賊之計。”劉裕極力反對，向長民說道“此言甚爲荒謬。如今強賊逼迫，人人自危，莫有固志，如果皇駕遷動，立成土崩瓦解之勢，江北豈可得至！即便得至，不過遷延數日，苟活而已。賊衆大舉渡江，我們焉能自全？我軍兵士雖少，自足一戰。若能克濟，臣主同安。萬一不克，我當橫屍廟門，遂吾由來以身報國之志，斷不能竄伏草莽以求苟活。吾計已決，卿勿復言！”參軍王仲德贊同劉裕，說道“明公輔佐晉室，又新建大功，威震六合。我想賊衆雖多，本是乘虛而來，聞公凱旋，自當奔潰。若我們自先逃遁，便勢同匹夫，乃取敗之道。”劉裕聽後大喜。
盧循之兵已至秦淮河口，中外戒嚴。當劉裕看到有很多民人臨水觀望賊之情形時，忽然“哈哈哈”大笑數聲。王仲德不解，問道“羣賊已到，大戰在即，明公反而發笑，這是爲何啊!”劉裕撫髯說道“如果民衆怕賊，現在應當急於四處奔散，又怎能有心思隔水觀望。觀此情勢，民心未散，賊徒必敗。我等無需驚慌!”
徐道覆向盧循說道“我們可焚舟登陸，使士有必死之志。然後從新亭至白石分兵數道，急攻劉裕。敵寡我衆，一戰可定乾坤，天下將爲我們所有。”盧循不同意，“劉裕兵士雖少，盡皆精銳，必當與我死戰。殺傷必多，孤注一擲，獨決勝負於一戰，非必勝之道。不如按衆緩兵，慢慢逼之，使其自潰。”徐道覆返回後獨自嘆息道“盧公多疑少決，我終將爲其所誤。若吾能爲英雄驅馳，天下不足定也。”
劉裕對參議們說：“如果賊輩由新亭直進，強攻我軍，其兵衆氣銳，勝敗真的很難說。若其回泊西岸，持重遷延，必將爲我所擒。”劉裕登上石頭城觀望，起初見賊向新亭方向前進，大驚失色，身子都不由得微微顫抖，部下從未見他如此失態過。後來劉裕看到敵船回泊蔡洲，神色才安定了下來，開始佈置諸軍，伐樹木在石頭、淮口處立柵，並修治越城，築造查浦、藥園、廷尉三處堡壘。
盧循在南岸佈下伏兵，留下主力，準備從此處猛攻，而使老弱之卒乘舟駛向白石，揚言要從白石大舉進攻石頭城。劉裕與劉毅、諸葛長民北出石頭拒敵，使沈林子、徐赤特戍南岸保守查浦，戒令堅守勿動。沈林子說“妖賊奸詐，恐其白石之兵乃是疑兵。”劉裕說道“若石頭城被破，臺城立危。不論賊是實是虛，都應重防。南岸之守，賴卿努力。”當盧循東下之前，曾潛派人送信給林子，欲使其從中爲內應。林子將書信交予劉裕，因此劉裕對其極爲信任。
盧循主力進至查浦，沈林子兵不出。盧循派數十名士兵往壘前呼喊叫罵進行挑戰。沈林子仍是堅守不出。盧循兵士謾罵嘲笑不已，“哈哈，都是懦夫”“都不敢出戰”“個個像女人，回家生孩子去吧”……甚者脫光衣服，將屁股對着晉軍進行侮辱。還有的穿上女人衣服作女人姿態“看我這番動作像不像晉朝娘子軍啊？真想看看他們這樣如何能打仗！”徐赤特怒氣難遏，欲要出壘擊賊。林子阻止道“賊揚聲往白石，卻於此急尋一戰，情勢很明顯，其主力部隊一定在此。出戰正中其計，我兵既少，不如守險不出。”
徐赤特怒火攻心，不聽，帶領自己麾下軍士出壘迎戰。接戰不久，盧循伏兵齊出，徐赤特之衆大敗。徐赤特隻身一人逃至水邊，乘船逃往秦淮北岸。盧循率衆肉搏攻壘，沈林子與劉鍾等據柵力戰。賊衆攻擊越來越急，已有部分賊衆拔柵突入，沈林子身當敵衝拼命阻擊，受傷數處，衣甲盡赤。徐道覆遙問林子，“爾忘宗族之仇乎!劉裕殺汝全家，你如今卻爲仇如此賣命。”林子回道“當年我沈氏宗族明珠暗投，誤隨孫恩，家族之人失身於賊，死於戰鬥，並非爲劉公所殺。此乃我家之恥辱。劉公收納我們，給與自新之路，我誓要爲家族雪恥，擊滅爾等孫恩餘孽。”言畢又斫殺敵兵數名。無奈賊衆太多，晉軍漸感不支，多處柵欄被攻破，眼看就要失守！