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從湖北、福建、南京、舟山等地抽調的三萬漢軍在臺南港口彙集整編，補給給養。徵日之戰想而易見是一場堅苦而曠日持久的大戰，是以雖然長崎情形危急，漢軍卻先行由各地齊集臺灣，一來讓運輸船補充必要的給養。二來漢軍自去年從臺灣出征，已有半年多不曾和家人見面，允許受到封賞和在戰爭中得到封爵的漢軍將士回家探親，可以激勵各軍將士，使得久戰而略有疲敝的漢軍將士們恢復士氣。
日軍此時已圍困長崎一個多月，連番攻城不克。便是連長崎周遭的小型炮壘亦不能攻下。日軍雖然有了歐式火炮，比之漢軍火炮卻不知落後多少，射程上遠遠不及，精度和炸力也是相差甚遠。只是在大股步兵的掩護下，將火炮推至炮壘之下猛轟，原以爲那些小型堡壘必然磚石崩裂，然後以步兵登城即可。誰料漢軍堡壘堅固無比，又備以小型火炮，每個堡壘之內藏有幾十上百名漢軍射手，躲在堡壘之同人，從射擊口往外射擊；再輔以火炮轟擊，又封死了堡壘大門，日軍即使衝到堡壘之下，也是無從攻入。
此番倭人大舉來攻，實是自當年長崎戰敗之後因張偉一方條件太過苛刻所致。和談成功之後中，幕府威信大挫。諸家老大臣開初以爲可以借和談穩定局勢，卻不料談判成功後，各大地方大名紛紛指責幕府賣國，一時間全日本暗流涌動，國內局勢紛亂不堪，令幕府的家老大臣頭痛不已。逼使德川秀忠退位，與張偉談和，這些都是德川家老們的決斷，後來被人指斥不已，反到使得原本地位並不強勢的德川秀忠在退位後得到了大量中下階層旗本武士的支持。
隱忍數年之後，一直在暗中尋求支持的德川秀忠終於在派遣了無數使者之後，在南洋尋得了西班牙與葡萄牙兩國的支持。然後兩國都表明無法直接出兵，而只能支援日本大炮及火槍。在德川再三要求之下，西葡兩國最多準備於南美調動小規模的艦隊，威脅張偉的呂宋殖民地，以吸引張偉注意力，使其不能全力對付日本。而這種程度的支持，是幕府無法接受的。是以雖然呂宋一被張偉攻佔，西班牙便一心要在遠東尋找勢力，與張偉打一場代言人戰爭，日本方面卻一直有所顧忌，並不敢出頭自尋死路。待到了崇禎四年，漢軍突然自臺灣征伐明朝，主力大軍盡數進入中國內地征戰。因日本一直風平浪靜，波瀾不起，張偉放心之餘，卻忽視了日本方面實力並未大損，倭人又是一個堅韌之極的民族，長崎之敗，並不能使其完全臣服，反而使他們一心要在軍事上戰勝外來的侵略。漢軍主力突然全出，張偉達成了戰爭的突然性，打了明朝一個措手不及，卻也使一心想一雪前恥的日本一時間沒有做出相應的反應。
急忙於西葡兩國聯絡之後，又暗中運進了大量的火炮彈藥，調集兵馬。準備了幾年的戰爭機器開始運轉，以幕府諸將軍對當年朝鮮戰場上明朝軍隊戰力的估算，張偉的徵明戰爭最少要一年到兩年之間，一切調動準備也都以此爲目標。以幕府的打算，當張偉在中國南方陷入苦戰之後，必定無法調動軍隊前來日本。而留駐在長崎的漢軍不過兩千人左右，雖然倚堅城火炮抵抗，又怎能經的住十幾萬大軍一擊之力？
張偉雖然在日本留有密探，又努力在日本內部尋求間諜，卻因日本人可怕的團結及排外而收效甚微。江文瑨在長崎經營多年，卻只得了一些商人的支持，軍國大事卻也是甚少能收到信息。幕府在本島的行動又是以絕密的姿態進行，等閒的下層武士都只接到調動結集的命令，哪裡知道上層的意思？被張偉視做下蛋金雞的日本幕府，終於決定一定要將盤踞在自身的吸血水蛭拿掉。當張偉一下而下南京，再戰下湖北、偏師入兩廣福建，消息傳到日本，幕府上下立時慌了手腳。漢軍戰力之強，做戰之迅猛恐怖嚇壞了心有餘悸的幕府家老們。記憶中悍勇的明軍不堪一擊，漢軍幾月間席捲江南，而日本的準備雖然尚未完成，卻也只提硬着頭皮發動大軍，走上攻擊長崎駐防漢軍的戰場。
爲了在漢軍面前失卻的顏面，還有重建幕府的權威，幕府此番當真是下了血本，幾年時間，用兵農分離的辦法，訓練培養了近二十萬的低級武士。大量的健壯農夫放下鋤頭，走入兵營。穿上日本特製的足輕武士所穿的竹甲，手持各式各樣戰國時期遺留下來的武器，經過或長或短的訓練，便成了所謂的職業武士。只有裝備了大量自制火繩槍的三萬火槍兵，還有長崎之戰殘留下來的武士纔是幕府真正的主力。以當時日本的國力，裝備幾千火槍兵都是一件了不起的事，一下子徵募了這麼些農夫入伍，西班牙人雖然給予日本人少量的免費武器，其後的裝備卻仍然需要幕府花錢購買。這麼大的負擔，使得幕府在全日本上下大肆搜刮。日本原本就是稅賦極重的國度，日本人的民族性天生的堅韌，又或者說是天生的下賤，哪怕被大名領主逼死，也甚少有農民起義。同樣的稅賦程度，若是放在中國，早就可以引發全國性的農民起義了。即便如此，幕府同樣也知百姓實難長時間負擔如此沉重的賦稅，於是，當江南的漢軍初定南方大局時，幕府先期出動了所有的火炮，再有近十萬的大軍，前去攻擊只有兩千駐兵的長崎。待長崎一戰而克後，日本步兵在內陸及近岸港口駐防，使用西葡兩國提供的大炮建築炮臺，依着他們的如意算盤，如此這般，就可以不懼漢軍的水師來襲，可以繼續實行閉關鎖國的國策了。
漢軍以水師先行，施琅率領的駐舟山的水師一部，以十餘艘大型戰艦爲首，其餘三十餘艘中小型戰艦尾隨其後，航行至長崎外海，以艦上的火炮驅逐駐守在岸邊的倭人駐軍，然後以水師步兵上岸，在岸邊依託海上戰艦的火力，掃清近岸的倭軍。待臺南的大股運輸兵船一到，便在水師步兵的護翼之下，蜂擁上岸，依次展開。
正領兵駐守在長崎城外的德川秀忠接報，雖然惶恐，卻也知道日本的命運在此一戰。於是立時命人飛馬前去江戶，將幕府所有的軍隊盡數調往九州。並命九州及四國、中國等各地的藩主大名帶兵前來助戰。
他見身邊的各家老大臣都是愁雲滿面，知道這些人早被前次的長崎之戰嚇破了膽。又因知道漢軍在明朝江南所向披靡，無有敵手，是以知道大股漢軍上岸之後，心中當真是害怕之極。
手按着佩刀，德川秀忠的臉上漲起一陣潮紅，向着這些他眼中的膽小鬼大喊道：“諸位，請拿出勇氣來！咱們日本人縱是全國玉碎，也不能再怯懦屈辱的向敵人投降了！全國的大名們都動員起來，最少能動員百萬大軍，張偉的漢軍再厲害，他能蕩平全日本不成？”
見神原康勝和本多忠政等人並不被他的話打動，仍是一副無動於衷的模樣。德川秀忠當年被他們逼迫着退位，把將軍位傳給兒子，自立爲大御所。在他依*着中下層武士脅迫衆家老們聽命，重新奪回幕府主導權後，因顧忌他們身後的力量，並沒有對這些家老們打擊報復，而是儘量將他們拖到自已擴軍備戰的戰車之上。只是心中卻是清楚，這些家老們對自已勾結紅夷，瘋狂擴軍的舉措並不贊同。他們雖然也心恨日本的白銀外流，國民經濟逐漸被張偉控制，也在考慮着日本該當變法圖強，與張偉抗衡。只是對德川秀忠這樣類似於自殺似的瘋狂舉動，實在無法贊同罷了。
四月的日本已是初春時分，德川秀忠兀立於長崎城外十餘里的小小土坡之上。腳底已有稀疏的綠草冒出頭來，遠遠望去，這一片平原卻已是頗有春意。
他抽出刀來，將腳底的草地劃開，露出草皮下黑油油的土地來。向着衆家老冷笑道：“各位，看看吧！這裡的土地這麼肥沃，是因爲當年我勇猛士兵的鮮血浸透了這片土地，無數的土兵暴屍荒野，屍體被野獸啃食。直到幾個月後，有不少武士的屍體變成了白骨，才被來尋屍的人找到。這土地，它能不肥沃麼？”
見各人都垂頭不語，德川秀忠越發大聲，幾乎指着各家老的鼻子罵道：“他們爲了我們而死難於此，我們活着的人不想着打敗敵人，將這些可惡的明國漢人攆走，卻一心想着和敵人媾和，狼狽爲奸！咱們現在有二十萬大軍，兩百門火炮，幾萬支火繩槍，這樣的戰力，爲什麼要害怕那幾萬人的明國人？再有，我已命定各藩的藩主們徵兵來助戰，九州不說，就是四國和中國地區就能動員十幾萬大軍，我們就是用人硬堆，用屍山血海來拼，定能打敗敵人！”
擁立在他身邊的各旗本武士，武將悍卒們聽他說完，一個個都是神情激動，持刀舞蹈吹呼不已。那本多忠政乃是當年一意議和的主導，此時早被德川秀忠架空，並無實權。待這位大御所大人發表完宏論，本多忠政方向前微微一躬，向着德川秀忠微笑道：“我想提醒大御所一件事：火炮打了這麼久，被敵人催毀，或是炸膛損壞的已達三十餘門，現在我軍的火炮已經不足兩百門了。”
說罷，將身體立直，向着目瞪口呆的德川秀忠微微一笑，退回至自已的家臣身邊。德川秀忠被他噎的難受，正欲開口辯駁，卻見對面家老隊中一陣混亂，定神一看，卻見是久已不問外事的家老重臣井伊直正騎馬趕將過來。這井伊直正也是德川家的重臣，曾受德川家康的信重，只是現下年紀大了，甚少過問幕府的事。此番大戰，他並未隨行而來。卻不知道此時爲什麼突地騎馬而來。
迎上前去，向着井伊施禮問好，又親自動手將這老頭兒攙扶下來。德川秀忠雖然曾任將軍，又是現任的大御所，對着這先父留下的老臣，卻也是不能失了禮數。更何況，井伊近幾年雖不大理會政事，實際上在德川家仍然是實力強橫的重臣，其勢力之大，也不容德川秀忠輕忽怠慢。
亂哄哄一番問候致意之後，德川秀忠向老井伊問道：“前方就要決戰了，您爲什麼過來呢？”
井伊直正笑道：“就是因爲要決戰了，我才必須過來啊。大御所閣下，此一戰關係到日本的國運，不能就這麼打啊。”
德川秀忠咬一咬牙，見原本垂頭喪氣的各家老們神色歡愉，精神振奮，知道這老井伊必定是給這些人撐腰，與自已爲難來了。回頭瞥一眼自已身後的大股衛士，還有那些忠於自已的家臣，膽氣一壯，向着井伊道：“敵軍現在人數不明，但最多不會超過五萬人。上次長崎之戰失敗，是因我們沒有火炮，也缺乏槍支。現在經過準備，我們不但在人數上遠遠超過對方，就是在武器也沒有落後敵人，爲什麼不能這麼打？”
他又大聲道：“何況，經歷過兩次神風庇佑的日本，會被這幾萬敵人滅國嗎？二十多萬的蒙古大軍都奈何不了我們！”
蒙古滅南宋後，曾兩次以強大的兵力攻伐日本，卻都因船隊被颶風毀滅，戰事失利。第二次徵日之戰，更是將十餘萬的原南宋降軍留在日本。大半被殺，小半投降後淪爲日本賤民。這兩次戰爭，在日本的民族性上留下了不可磨滅的烙痕。從此之後，日本的民族性有了僥倖和投機的成份，所有的日本人都相信上天定會庇佑日本，日本必然不可戰勝。於是一直到兩顆原子彈扔在了日本國土之上，方纔令這些堅信神風的倭人們知道，他們也有被打敗的一天。
然而在此時，德川秀忠的話一說完，身邊所有的中下層武士們都是熱血沸騰，齊聲大喝道：“神風庇佑，日本必勝！”