毛文龍直斥熊廷弼要挾皇上的言論已經在大明朝野傳開，有如東林者就拍案叫好，立刻藉着這個東風，對熊廷弼，然後擴大到楚黨窮追猛打落井下石。有楚黨恨毛文龍入骨，放棄了他們對毛文龍的爭取，開始捕風捉影，開始拿捏事實進行大肆的攻擊。有齊黨北方黨這樣的小黨派樂於作壁上觀，樂於狗咬狗，保持了難得的沉默。
但是這個毛文龍的舉動，直接導致了皇帝對熊廷弼態度的改變，直接下旨內閣，要求刑部等有司，將原本幽禁起來的熊廷弼捉拿入獄，窮究其罪。
內閣對皇帝的意思表示了堅決的抵抗，因爲葉向高認爲，如果將熊廷弼直接下獄，就是對楚黨的徹底的打擊，就會造成朝堂勢力之間失去平衡，還有一點就是，葉向高考慮到孫承宗的重要地位，不可能將他老放在關外督師。在這個時候，能夠保持勢力平衡，穩定的只有兩個人，一個就是自己的這個獨相，努力的平衡黨爭，當然已經作到了筋疲力盡的地步。還有一個就是這位帝師，因爲他廣闊的人脈，在東林裡具有最尊崇的地位，且出於公心，一直沒加入到黨爭之中，而且他也反對黨爭。如果將孫師傅留在朝堂之上，它不但能影響皇帝的舉措，更能影響東林黨的想法，這樣是自己掌控朝局的巨大臂助。所以，他認爲孫承宗出外督師不過是暫時的，等度過了這段的危機，還需要熊廷弼出來繼續經略遼東，所以他堅決的反對將熊廷弼打入大牢這種根本就沒有一點後路的決斷，於是葉向高就動了內閣的權力，將天啓的聖旨直接撥回去了。
內閣是阻止了皇帝實行自己的決斷，於是就在天啓二年的4月份，對皇帝最忠誠的機構東廠，正式任命魏忠賢爲廠督，徹底的解除了還套在他們身上的枷鎖，被放了出來。
他們恢復了祖宗規定的職能，只對皇帝負責，不經司法機關批准，可隨意監督緝拿臣民的超然手段，從而開明朝宦官干政之端，然後在魏忠賢的指使下，將軟禁在家的熊廷弼，直接下入了錦衣衛的詔獄。正是通過這件事情，魏忠賢原先說在皇宮內的手，正式的向整個朝廷天下蔓延。
熊廷弼突然被下了詔獄，宣佈這一場新的黨爭在朝堂上開始爆發，東林趁火打劫，步步緊逼，在不久的將來，以秋風掃落葉的形式，將其他的小黨全部打敗。
但是那些小黨，並不能被東林收納加入，他們爲了自保，於是紛紛投向了內相魏忠賢，導致閹黨形成。
孫承宗沒有想到，自己沒有規勸皇帝繼續對熊廷弼給予優待，結果默許了這個正處在叛逆期，死要面子的小少年的決斷，最終這件事情變成了讓大明帝國這架馬車，開始真正煙塵滾滾的衝向了懸崖。
孫承宗回到自己的家中，第一件事就是命令自己的老家人，去尋找還在京城裡公幹的袁崇煥，然後準備和他好好的談一談未來遼東的事情。
結果時間不久，老家人就回來稟報，說是袁崇煥大人再次失蹤了，即便是他家裡最親近的人，也不知道他去了哪裡。
看着剛剛在文檔裡挑選出來的，關於山海關外錦衣衛的報告，孫承宗對袁崇煥的突然消失，並沒感覺到什麼不妥，因爲他知道他的這個學生就是一個不安分的，這一次絕對不是去酒館青樓尋花問柳，絕對是又做一些什麼驚人的舉動了。
於是頭也不擡的就對老家人道：“你多穿一點，帶上燈籠，就蹲在袁崇煥大人家的門口，只要他回來，第一時間帶過來給我，我就在這裡等着他。”
老家人只能遵照了主人的吩咐，帶上了晚上禦寒的衣服，懷裡還特意揣了一小瓶酒，真的就到袁崇煥的家門口蹲着等待了。
錦衣衛的詔獄大牢，可和刑部的不同。
刑部大牢，還有三法司監督着，有些案子出現反覆的機會非常大，所以那裡的牢頭們，對這些犯罪的官員並不是很苛刻。
死灰復燃這個名詞，在這裡每一天都在上演，那些浮出的官員，一旦走出去，他們可沒有當初發明這個成語的韓安國的胸懷。這些重見天日的官員，只要出了這個牢獄，第一件事就是報復這牢獄裡給自己臉色的牢頭。
但是進入錦衣衛的詔獄，情況就截然相反，因爲只要被抓進來的，能夠平安出去的，簡直就是鳳毛麟角，官復原職，那簡直就是天方夜譚。
首先，錦衣衛的各種刑具，就讓所有的官員不能忍受，還有一點，其實也不能太過冤枉錦衣衛，那就是凡有抓進來的官員，其實就沒有一個是清白的，雖然當初抓你來的目的案子最終你沒有，但一個貪污受賄，一個罔顧國法，一個縱家人奴僕行兇，最不濟還有一個欺凌鄉里，就這幾個簡單的名頭，安在你的腦袋上，你絕對不會冤枉的。而正是這些事情，卻是可大可小，想整死你，那這些罪名就是死罪，即便不想整死你，丟官罷職抄家已經是對你的照顧了。
所以錦衣衛的大牢，絕對沒有什麼優待可言，這些牢頭們也根本不去想你做什麼死灰復燃。
本來被軟禁在家優待調查的熊廷弼，突然間被一羣如狼似虎的錦衣衛和東廠直接抓進了大牢，熊廷弼就感覺到事情不妙。於是他立刻想通過關係，首先先向掌握着錦衣衛和東廠的頭子魏忠賢求情，希望他能對自己高擡貴手，希望能夠通過他，再次得到皇帝的同情。
而且這一次是真真正正承諾，只要恢復到軟禁的局面，自己就願意奉獻上八萬兩黃金。
然而傳話的錦衣衛番子，給他帶來了一個讓他心灰如死的回話：“廠公說了，你一個不顧國事，坐視同僚敗北，坐視遼東糜爛的罪就已經夠得上梟首示衆，你一個要挾皇帝，徹底的沒有人臣之心，就夠得上凌遲處死，而你戲耍廠督，廠督正要用你的人頭讓天下人知道東廠的厲害，所以，你就死了這份心吧。”然後這個傳話來的錦衣衛番子，對已經面如死灰的熊廷弼交代道：“八萬兩黃金不少，但是一旦你死了，這些黃金還能是誰的呢，早晚還不許進入內帑，進入廠督的腰包？你真的是善財難捨啊，自作自受啊。”
這一下熊廷弼終於後悔了，他後悔自己太聰明瞭。於是，就在牢門砰然關閉的同時，他衝着那碗口大的窗戶歇斯底里的大吼：“毛文龍，即便我死，我要也讓你給我陪葬。”
而就在他瘋狂的時候，牢門再一次開啓，袁崇煥施施然走進了大牢。