五天後，水師艦隊抵達了臺灣淡水港。
回來臺灣之後，岳雲便立刻召集島內衆官員和軍隊中都指揮使以上級別軍官，在臺北城府衙前的廣場上宣讀了朝廷的聖旨，稱海外都護府正式建立，府衙就設在臺北城內，將原來的臺灣府衙改爲海外都護府府衙。
同時，岳雲宣佈由於臺灣府升格爲海外都護府，加上現在轄區已不止臺灣一地，還包括呂宋州、琉球羣島和日本的邇摩郡、鹿兒島、橫濱城，所以要對機構設置進行重新安排。
海外都護府設大都督一名，由岳雲擔任，下設內政部、財政部、外交部、情報部、科技部、國防部六大部門。
內政部主要負責都護府內的民生、道路維修、城池建設、碼頭維護、礦產開採、人員登記管理，協調內部各州縣的事務。部長由劉一寧擔任。
財政部主要負責都護府內的收稅、收支預算、財政拔款等事務。由李雨柔任部長。
外交部主要負責與都護府外的國家和地區聯繫交往，包括簽訂條約、對外貿易，保護都護府民衆在他國的利益等。部長由薜源擔任。
情報部主要負責收集海外都護府的內部及國外的情報。部長由鞏月漓擔任，分爲對內調查司和對外情報司，分由鞏義和鞏勇擔任司長。
科技部是由原來財政部下屬的火器製造局提升而來的，主要負責各項科技的研發，及兵器、船隻製造。岳雲特地交給情報部一個任務，就是蒐羅那些精通奇技淫巧的匠人，想方設法挖到臺灣來。科技部的部長由陳規擔任，目前只設了武器製造局、造船廠、農作物研究院三大機構，分由蘇永貴、高宣和陳旉任負責人。
國防部主要負責士兵招募訓練、保衛海外都護府的領土不受侵犯，按都護府的命令承擔對外作戰任務。部長由虞允文擔任。下分陸軍和海軍兩大兵種。
陸軍都統爲張憲。分爲騎兵軍、步兵軍和火器軍，分由嶽雷、陸文龍和關鈴任統制。
海軍分爲北海艦隊和南洋艦隊。
北海艦隊的主要作戰範圍爲高麗、日本、金國及臺灣以北的江浙、琉球一帶沿海區域，艦隊司令由楊月擔任。下屬三大駐防艦隊，分別是日本駐防艦隊、琉球駐防艦隊和臺灣本土駐防艦隊。其中臺灣本土駐防艦隊司令由楊月兼任，而日本駐防艦隊司令和琉球駐防艦隊司令則由呂浩、宋忠擔任。
南洋艦隊的主要作戰範圍則包括嶺南沿岸，以及呂宋、安南、占城、馬六甲、三佛齊等在內的南洋諸國沿海區域。艦隊統制由李寶擔任，下屬五支分艦隊。即第一、第二、第三、第四和呂宋駐防艦隊。李寶自己兼任第一分艦隊統領，菲加任呂宋駐防艦隊統領。而第二、第三和第四分艦隊則由曹寧、高寵、趙耀擔任艦隊統領。
同時，岳雲還在國防部下開設了一所軍事院校，稱爲臺灣軍事學院，由岳飛任院長，負責培訓軍官，訓練士兵。
除了這六大部門外，岳雲還新設立了兩個頗具現代特色的機構：法院和議會。
法院自不必說。按岳雲的解釋，這就相當於大理寺和臨安府的那種機構，專司訴訟。同時，延續了之前臺灣府的兩審終審制。設海外都護府最高法院，院長由張擇瑞擔任，下設臺灣州、琉球州、呂宋州三個州法院。負責處理民間訴訟，由情報部對內調查司查獲的貪污瀆職官員也由州法院審理。而軍隊中的訴訟則有專門的軍事法院進行審理。
而議會這個新機構卻讓衆人都摸不着頭腦。按岳雲的說法，這個議會是將民間一些有聲望的人組織起來，讓他們參於政府的政策及法律制定，反映民間百姓的訴求。避免高層官員和基層民衆脫節。而這些議會的議員由百姓推舉。每五年推舉一次。
第一屆議會的議長由王童擔任，以後則由議員選舉產生。議員人數暫定爲臺灣三十名、琉球五名、呂宋五名。以後則按各州的人口比例來確定議員人數。這些議員並不列爲政府官員，依然是一般民衆，只是因擔任議員擔擱了他們的日常工作，由政府給予一定補貼。
在討論海外都護府的政府機構設置時，當岳雲提出設立議會，很多人都表示多此一舉。而岳雲卻堅持要求設立。因爲他太清楚一個國家有議會，而且是由民衆推舉的議員組成的議會。對國家的民主進程有多大作用了。
眼下海外都護府政府是一個全新的政府，以年輕人居多，較爲能接受新事物。如果把規矩現在就定下來。以後按此框架向其他地方推廣就容易得多。
如果現在不抓住良機設立，等以後向內地進軍之後。在保守勢力和士大夫文人的干擾下，設立議會就更難了。
當然，岳雲也深知議會民主雖然遏制了君主獨裁，避免出大錯，但同時也讓決策效率低下，尤其是戰爭時期，往往會導致戰機喪失。所以他現在也僅讓議會處於一個反映民情的地位，就連制訂法律和政府內政方面的決策也只能參於討論，決定權仍在自己手中。等到了以後時機成熟時，才進一步提升議會的權力。
在岳雲將這一切麻煩事情，逐漸理順之時，朝廷的特使也終於到了。
經過曹公公用“金錠攻勢”的努力，再加上那每年二十萬兩白銀的誘惑，趙構終於同意了將原來岳家軍的將兵及其家屬，歸還岳雲。
不過，趙構卻是暗藏禍心。在秦檜的建議下，他下令將荊襄和江淮之地因戰亂而產生的流民也全部算作岳家軍的家屬給送了過來。這樣，便可使南宋朝廷減少了一個大麻煩，卻讓臺灣背上了一個很大的負擔和包袱。
這批流民總人數高達五十餘萬，每天消耗的糧食便是個天文數字，而且這五十萬是人不是家畜。並不是讓他們吃飽了飯便行了，他們還要工作、要生活、要住房、要掙錢。如果安置不好，又或他們上島之後，和本地居民起了矛盾衝突，皆是個很大的麻煩。
趙構和秦檜的想法，便是企圖用這批流民讓海外都護府陷入大亂，只要島內發生民變，引起大動亂，在臺灣軍隊忙不過來之時，朝廷再出兵收復臺灣，便是水道渠成之事了。
而如果岳雲拒絕接納，則會在這些民衆中失去威信和凝聚力，今後荊襄、江淮之地的民衆將不會再唯岳飛父子馬首是瞻了。
岳雲雖然明知是計，卻也只得咬牙承諾了下來，事到如今，出爾反爾只會讓情況變得更糟。
於是，一時之間，從長江口前往淡水港的船隻絡繹不絕，天天都有數千人上岸。這一來，讓岳雲不禁措手不及，導致島內物價暴漲，糧食短缺。饒是岳雲從高麗、日本、南洋採購了大批糧食，依然只能勉強不讓百姓餓死。
不過岳雲卻是深知，這批人要麼是對他和岳飛極爲忠誠的將士家屬，要麼是對朝廷心懷不滿的百姓。只要能把他們安頓下來，自己就憑空多了五十餘萬人口，對以後的發展大爲有利。所以，哪怕是硬着頭皮，也只能把人接收下來。
好在他還有從石見銀山及呂宋開採的大量金銀礦石，安置的費用倒是不缺。但如此多的人員擁入，卻讓臺灣各地的官員、士兵、民衆忙得焦頭爛額。
而就在此時，占城國的駙馬阮成文又派使者來催促了，稱如果他再不出兵，占城就要淪陷了。
之前在舟山時，岳雲曾答應了阮成文，稱自己回到臺灣，安頓好人員之後，便派兵救援占城。但沒料到回去後不久，就被趙構弄了五十萬流民到臺灣來，這讓他措手不及，所以一直沒有派兵去援救占城。
而占城國在得知宋軍即將來援的消息後，全國上下倒也振奮了一陣。連連出擊，打死打傷了不少安南軍士兵，讓戰爭形勢頓時得以好轉。
不過隨着時間的推移，安南軍在安南國王李覺的率領下，頂住了占城軍的反撲之後，又繼續發動攻勢，再次佔據了上風。
占城軍這時再也抵擋不住，連戰連潰，安南軍連破數城，眼看都要打進佔城首都毗闍耶了。
占城國王闍耶跋摩於是只得再度命女婿阮成文向臺灣求救，希望能儘快派兵援救占城。
今趟接到阮成文的求救信後，岳雲也只得放下手中的工作，召集衆人討論如何出兵救援占城國。
但他沒想到的是，王童、虞允文、薜源這三大軍師竟然全都反對出兵。他們覺得現在臺灣百廢待新，大量移民涌入，還未安頓下來，島內人心惶惶。如果此時派大軍遠赴占城，將會使島內局勢動盪，萬一朝廷發兵進攻，則臺灣危矣。
尤其是王童，歷數了安南從中原王朝的管轄中獨立出去的經過，以及歷朝歷代朝廷在對安南用兵時，折戟的過程。他堅稱，以臺灣目前的軍隊，要想擊敗安南是不難，但想讓它臣服下來，卻是很難很難。