進中華門後，就是中華路。中華路上聚集着大量市民，街上的情形一片混亂，他們想經中山路、中山北路，出挹江門，到下關渡江。而另一個方向，從中山門，經中山東路，到中山路、中山北路，也聚集着大量市民。
1937年12月13日上午9時，中華路上的南京市民發現：從中華門方向過來一支部隊，這支部隊的士兵身材矮小，戴着鋼盔，端着上了刺刀的步槍，揹着行軍包，穿着土黃色軍服，爲首的幾個軍官，拎着狹長的戰刀。再近點，看到他們都留着鬍子，雖然面貌跟中國人無異，但舉着的太陽旗卻如血光般刺眼，旗上橫七豎八地寫着一個個簽名。
市民中有人突然喊了一嗓子：日本鬼子！
馬路上的人羣頓時失控。
陷落中華門後，負責主攻的第6師團緒方敬志大隊被調到城外休整，聯隊長長谷川正憲派吉岡賴勝第2大隊、江島虎雄第3大隊率先從中華門殺入南京。
最初進入南京的第6師團的日軍士兵，還是比較緊張的，他們端着槍，每往前推進一步都小心翼翼。他們在大街上東張西望，但很快就肆意妄爲起來。
與此同時，第16師團助川聯隊、野田聯隊一部（繞過紫金山從城北沿京滬鐵路）和第6師團竹下聯隊（沿長江從西面上新河方向）向下關江邊合擊過來，大野聯隊則沿南京城牆開始“掃蕩”。
殺戮最先出現在南京城牆上。
南京陷落後，從中山門到光華門、通濟門陣地上被俘的中國士兵，被大野聯隊（第3大隊第10中隊，中隊長古北光太郎大尉）集體刺殺。
13日南京陷落，我從中山門路過，在中山門的城牆上看到極其恐怖的情景：當時，中國俘虜們在25公尺寬的城牆上被排成一列。在他們面前，是端着上了刺刀的步槍的日軍士兵。下令後，士兵們齊聲大吼，衝着中國戰俘的胸口或腹部猛刺。那些中國戰俘一個個地被挑落城下，從身體中涌出的鮮血噴向空中……（《東京日日新聞》隨軍記者鈴木二郎回憶）
此時下關情景極爲混亂。退下來的士兵和難民的人數還在不斷增加。但依舊沒什麼船隻，這一道長江已成生死線！
逃難的市民們得知日軍已經進城，正往下關殺來，人心大恐，秩序更亂，江邊呈現出一幅末日圖景：哭泣聲、咒罵聲、無望的呼喊聲。南京市民抓住一切可以漂浮的東西跳入冬天的江中，江中人頭點點，更有絕望者直接跳江自盡，以免受到日軍的凌辱和虐殺。
12月13日午後，助川聯隊已追擊到下關江邊，親自率領這個聯隊的是第30旅團長佐佐木到一。
退到江邊的南京市代市長、代憲兵司令、警察廳廳長蕭山令（保定陸軍軍官學校3期，湖南蓋陽人）中將，指揮憲兵部隊在江邊與日軍展開激戰。
南京戰開始前，憲兵司令谷正倫離開南京到武漢治病，蕭山令以參謀長身份升任憲兵副司令，代司令職，後又代任南京市市長和警察廳廳長，率3個憲兵團（羅友勝第2團、陳烈林第10團、周競仁教導第2團）和警察部隊協助衛戍部隊抗擊日軍。光華門危急時，教導第2團曾緊急增援，血戰光華門，寫下憲兵部隊南京保衛戰光輝的一頁。
撤退開始，憲兵部隊也涌向挹江門，但由於城門被沙袋堵塞，大家都出不了城。這時候，教導第2團第3營第9連代連長向斌在緊急中想到：這裡有地道啊！第9連曾擔任過南京城防檢查的任務，所以對這一帶地形很熟，向斌知道挹江門裡的城道附近有條明代時修建的秘密地道。於是，他悄悄地帶着全連士兵摸進地道，從地道出得城去，因爲時間早（12日午夜），所以僥倖登上一艘渡輪。
蕭山令中將沒能走脫。
在撤退令下達後，蕭中將佈置憲兵3個團的撤退方案，一切安排停當後，作爲南京代市長，他又帶人將市政府所有機密檔案燒燬，當趕到下關時已經是12月13日中午！此時助川聯隊已經攻到江邊，蕭山令和憲兵教導第2團團副黃觀濤（黃埔軍校6期，湖南寧鄉）帶身邊的憲兵與日軍死戰，此時江中衝來日軍汽艇，亂行掃射，蕭中將身中數十彈而殉國。在下關之戰中，殉國的還有黃觀濤和掩護總隊撤退的教導總隊第3旅副旅長雷震（黃埔軍校2期，四川蒲江人）。
南京陷落後，下關江邊的一隊中國士兵決定冒死向上遊的上新河方向突圍，12月13日凌晨5點遭遇日軍第6師團竹下聯隊小原重孝第3大隊第11中隊攔截，激戰3小時，斃殺中隊長大園莊藏大尉，但中國士兵也死傷不少，前面提到的第87師旅長劉啓雄就是在此戰中被俘的。跟陳頤鼎分手後，他本想回城藏起來，但沒能如願，只好跟着這隊人馬往上新河突圍，至此成爲上海、南京戰中中國方面被俘的最高軍官，後變節。
殘餘的士兵跟隨難民轉奔水西門方向，途中又遭小原重孝大隊主力截殺，被圈在了一個麪粉廠前的廣場。人羣中有第156師士兵駱中洋。此時已是13日上午。按駱中洋判斷，幾乎有2萬人被日軍包圍。因爲作爲士兵，在平時訓練出操列隊，對集中在一起的人數是非常敏感的。
日軍持槍，三面包圍，當年作爲“櫻會”分子之一的小原按刀上前，問中民想怎麼死，是刺殺、砍頭、焚燒，還是槍決？翻譯將其譯成中國話後，人羣中一片哭號。這時候，小原的一個部下走到人羣前，摸了摸一個青年的頭，衝他招手：你，過來。
那名青年不知所措地剛往前走了幾步，那名日軍軍官猛地反手一刀，將他的腦袋砍飛，血柱直射天空。
人羣頓時炸了營。
此人就是小原大隊的第12中隊長田中軍吉，這個鹿兒島人現年32歲，官至大尉，有一把軍刀，名爲“助廣”，當他得知第16師團片桐聯隊的兩少尉野田毅、向井敏明搞“百人斬競賽”，殺到南京後“成績”是105比106時，不禁大笑。因爲此魔自杭州灣登陸到現在，已連續劈殺300多名中國人。而且，在南京，田中保持着單個日軍屠殺中民的最高紀錄。
小原決定對中民進行刺殺。從前面開始，每10人一組，開始殺戮。後面的人羣頓時**起來，有人試圖奔逃，隨即引來制高點日軍機槍的掃射。混亂中，駱中洋藏進了附近的茅草房，深夜僥倖脫險！
1937年12月13日下午2時，日軍第3艦隊第11戰隊主力進至下關，國崎支隊控制了長江北岸的重鎮浦口；中華門、光華門、中山門上的日軍士兵張開雙臂進行狂呼；在東京本土，百萬東京市民舉着鯉魚燈籠進行大遊行，“祝賀南京陷落”。
這一天，留守在南京的美國人費奇在日記中寫道：“我們在南京曾經度過的那些愉快、平靜而有秩序的時光，我們曾擁有的對未來的美好憧憬，就此結束。”
南京陷落後，城南一度發生巷戰，一些沒逃出南京而又不願當俘虜的中國士兵對日軍進行了阻擊。在13日下午，國府路上甚至有中國守軍的坦克炮擊一隊搜殺而來的日軍。零星的巷戰一直持續到14日。
就在這時候，鬆井石根在蘇州發出“分區掃蕩敗殘兵”的指令。朝香宮鳩彥對上海派遣軍下達的命令則是：“不留戰俘。”這個命令是極端殘忍的長勇起草的。長勇同時還兼着華中方面軍參謀的職務，所以柳川平助那裡也收到了殺掉全部戰俘的命令。
南京城內的掃蕩，主要由第16師團的助川、野田兩個聯隊負責（後來包括第9師團伊佐聯隊）；城外的掃蕩主要由第9師團主力負責。由於受阻光華門，第9師團的報復性行動十分殘酷。僅12月14日一天，光華門外，該師團伊佐一男第7聯隊下屬的一個不到180人的中隊（第3大隊第11中隊，中隊長中野壽一大尉），就分批刺殺了1700名中國戰俘。在《金澤第9師團作戰史》中更有這樣的記載：“師團以右翼聯隊（伊佐聯隊）爲主力，在城內進行掃蕩，殲滅敗殘兵7000多名。”而且，伊佐聯隊曾第一個闖入“安全區”捕捉中國“便衣兵”。
末鬆茂治第114師團則在雨花臺刺殺了1300多名中國戰俘。
漢西門外，第6師團則屠殺了7000多名中國戰俘、警察和平民。
在郊區的麒麟門，第16師團片桐護郎的聯隊屠殺了4000多名中國戰俘。日軍用機槍把中國戰俘和平民環圍起來，逼迫他們將炮彈炸開的坑繼續挖大，有人意欲逃跑，當即被射殺。後來，日軍的工兵隊也加入挖坑的行列。幾個大坑被挖好了，活埋開始了：中國戰俘和平民被驅趕到坑裡，日軍開始填土，很多人身子被埋到一半，就已氣絕身亡；有的埋到脖子時，人的面部已變成紫紅色的，嘴裡和眼裡淌出鮮血。活埋後，日軍士兵開始圍着圈跑步，把土踩實，在有關南京夢魘的電影紀錄片中可以看到這個鏡頭。
第16師團大野聯隊第4中隊的中隊長阪清，和四方藤造同時登上中山門。他有一幅渾身掛彩的照片，曾被登在東京的報紙上。但由於四方被地雷炸死，阪清就成了第一個登上中山門的日軍。南京陷落後，他一瘸一拐地指揮自己的中隊，在玄武門外射殺了300多名中國戰俘，由於射殺時距離不到50米，所以血肉橫飛，場面殘酷至極。爲了對比日本“三八”步槍和中國“中正”步槍的性能，這名中隊長叫30名中國戰俘縱行排成兩隊，日軍士兵分別抵住每隊最後一人的後背，然後同時扣動扳機，於是兩隊人倒下去，實驗結果是：“三八”步槍洞穿12人，“中正”步槍洞穿14人。
日軍之屠殺，開始變爲遊戲。
第16師團野田聯隊在太平門外屠殺了1300名以上的戰俘，其中800多人被活埋，500多人被焚燒而死。該聯隊士兵大澤一男記述如下：
敗兵被集中起來，用鐵絲網圍在城牆一角。城內的防空壕也擠滿了人。我們拿來汽油，從城牆上向敗兵的頭上澆去。中國人似乎都死心了，一動不動……（松岡環：《南京戰：尋找被封閉的記憶》）
到了12月15日、16日，日軍的暴行更甚：
水西門外，第6師團岡本鎮臣聯隊屠殺了2000多名中國戰俘。
在漢中門外和煤炭港，第16師團將在司法院難民區搜捕到的南京警察、平民5000多人一同射殺。
魚雷營，發生了第一次屠殺。山田支隊在幕府山一帶一舉俘虜中國士兵14，777人。到15日，被俘虜人數已超過2萬人。這些戰俘被塞進多幢臨時兵營。從15日起，日軍開始屠殺，每次從營房拉出三四十人，在第一次屠殺中槍決了3000多人。
在魚雷營隨後又發生第二次屠殺，一次死難中國戰俘7000多人。
中山碼頭的中民死難者達到5000人，屠殺者是中島第16師團。江東門，屠殺仍由第16師團實施，遇難者超過15，000人。
1937年12月17日，日軍舉行了迎接華中方面軍司令官鬆井石根的入城式。
鬆井入城前的15日，一貫我行我素的第16師團長中島今朝吾自己搞了一個入城式。
中島騎着馬走在最前面，第二排是佐佐木到一、草場辰巳兩個旅團長，後面是參謀長中澤三夫以及助川靜二、野田謙吾、片桐護郎、青木國雄（第20聯隊長大野宣明在進攻南京途中得病被送回上海，由第3大隊長青木代理聯隊長職務）四個聯隊長，再後面是師團司令部的參謀和一幫大、中、小隊長們。
中島搞完這個入城式後，上了日本報紙的頭條，很多人以爲華中方面軍已經搞完入城式了，把鬆井石根氣得不得了，馬上下令：禁止各部隊單獨搞入城式。
在第16師團的入城式當日，被日軍翻譯描述爲“高個子、紅臉膛、像個野人”一樣的第30旅團長佐佐木到一接受日本隨軍記者的採訪，稱：“應在南京發揚皇軍武威，徹底摧毀中民的抵抗意志。”
這個“武威”，就是屠殺。
就是這個像野人一樣的少將旅團長，在隨後舉行的宴會上拿嘴咬了他的頂頭上司第16師團長中島今朝吾。事情是這樣的：入城式之後，中島在中央飯店宴請他的部下，幾杯酒灌下去後，佐佐木抱着中島的手亂咬。
最後搞明白了原因。
在攻打南京時，中島命令佐佐木旅團編成“支隊”（助川聯隊、野田聯隊的一個大隊），繞過紫金山向下關追擊。而佐佐木認爲，自己的部隊應該是主力“追擊隊”，而不是側翼“支隊”（在日本人眼裡，這兩個稱謂區別很大）。南京陷落後，上海派遣軍司令部發獎狀，只給了攻打紫金山的部隊，而沒搭理“在右側苦戰”的助川聯隊。佐佐木爲手下出頭，所以咬了中島。
但第16師團的醜劇還沒完。
還記得前面說的麼，攻打紫金山時，大野聯隊和野田聯隊（兩個大隊）都向上攻，唯有被放在中央的片桐聯隊出現“迂迴後退”的情況，中島爲此跟片桐護郎鬧了起來，叫片桐從前線下來負責預備隊，而臨時任命該聯隊第1大隊長青柳少佐到一線指揮。“滿腹委屈”的片桐在宴會結束後，喝得也高了，再加上這兩天一肚子火（南京陷落後，他的部隊住進中央軍校宿舍，但沒想到被更“厲害”的內山英太郎的野戰重炮兵部隊給趕了出來），於是就想發在中島身上，衝過去要揍他，幸好被自己的副官抱住了。
在12月17日的入城式上，鬆井石根終於現身南京了。身材矮小的他騎着馬走在最前面，身後是上海派遣軍司令官朝香宮鳩彥親王、第10軍司令官柳川平助中將。第三批，是華中方面軍參謀長塚田攻少將、副參謀長武藤章大佐、上海派遣軍參謀長飯沼守少將、第10軍參謀長田邊盛武少將、第6師團長谷壽夫中將、第9師團長吉住良輔中將、第16師團長中島今朝吾中將、第114師團長末鬆茂治中將、第13師團支隊長山田栴二少將、第3師團先遣隊長鷹森孝大佐、第101師團第101騎兵聯隊長大島久忠大佐。第四批是各師團的旅團長、聯隊長，以及華中方面軍、上海派遣軍、第10軍的作戰參謀們……
海軍則在第3艦隊司令官長谷川清中將、海軍特別陸戰隊司令官大川內傳七少將、第11戰隊司令官近藤英次郎少將等人的帶領下，從挹江門入城。
但這還沒完。在鬆井率司令部成員進入南京後不久，中山門方向又出現幾名騎馬的日軍軍官。爲首騎白馬的不是別人，正是愛惹是生非的橋本欣五郎。幾天前，他擅自下令炮擊了長江中的英美軍艦（給鬆井惹了麻煩）。這一次，他帶着幾名部下，在沒請示過任何上級的情況下，擅自由蕪湖方向來到南京，爲的是“見識見識”中國的首都。
在整個入城式上，有一件奇事發生：
儀式開始前，所有日本隨軍記者都接到華中方面軍司令部的一個命令：攝影記者不許拍攝第10軍司令官柳川平助的單人照片，如果在合影場合必須拍，那麼發表時不能露出他的臉，文字記者在報道中也不許提柳川的名字。結果是，在日本國內的報紙上，所有該提柳川名字的地方，都用“某某司令官”代替，有的報紙乾脆把柳川寫成“蒙面將軍”；而入城式合影中涉及柳川的照片，其臉部被塗成灰色，彷彿打上了馬賽克。日本隨軍記者一頭霧水。或許是來自東京統制派的封殺？但這樣的猜測畢竟不靠譜。真相又是什麼呢？直到現在仍沒人能說清。
入城式開始前，一次大屠殺剛剛結束。