12月18日，長江邊的草鞋峽發生了整個南京大屠殺期間最大的一起暴行，57，000多名中國戰俘和平民遇難。
草鞋峽大屠殺是經過精心策劃的。實施這次屠殺的依舊是山田支隊。該支隊在南京陷落後一直沒進城，就駐守在江邊，負責“處刑”。按該支隊分隊長慄原利一回憶：他們整個部隊在南京一共“處決”了70，000多名中國人。這個數字跟魚雷營兩次屠殺（10，000多人）、大灣子屠殺（13，000多人）、草鞋峽屠殺（57，000多人）的總數基本上是相符合的。魚雷營的兩次屠殺和大灣子的屠殺，死難者基本上爲中國戰俘。而草鞋峽屠殺，除了一部分戰俘外，還有大量南京平民。
中民被反綁了雙手，然後被勒令排成四隊，向江邊走去。長江浩浩蕩蕩，望不到邊。當他們到達江邊時已是夜間。草鞋峽冷風吹面，早已經埋伏好的日軍的機槍響了。在瘋狂的掃射中，中民血花飛濺，一片片倒下。
多少年後仍無法想象，57，000餘人一次性被屠殺的場面是怎麼樣的。南京，已是活地獄。
屠殺中，日軍使用了6挺重機槍。日軍的重機槍有70多公斤重，一次可以發射800發子彈，每打完1600發子彈後，槍管就會變得通紅，必須更換新的。由於這個特點，在作戰時，日軍一般在打完子彈後，就會拋下重機槍撤到後面取子彈，然後再帶着子彈回來重新戰鬥。在這次屠殺中，三個日軍負責一挺機槍，兩人輪流射擊，一人負責裝輸子彈。在這場超級殺戮中，可以想象日軍更換了多少重機槍的槍管。
山田支隊以來自會津若鬆的步兵第65聯隊爲主體，聯隊長爲兩角業作大佐。該聯隊有4個機關槍中隊，至於當時的大掃射由哪個或哪幾個中隊執行，已不得而知。但在這裡可以把這4箇中隊中隊長的名字列出：寶田長次郎中尉、片岡俊郎中尉、三木正明中尉、針岡壽大尉。
伴隨屠殺而來的是大規模的強姦。
用日本隨軍記者的話，在南京的日軍，不強姦的，幾乎沒有。在金陵大學的操場上，17個日軍****一箇中國少女。在另一個地點，一戶人家不滿10歲的女童和她的母親以及70多歲的祖母同時遭到日軍****。這樣的例子，在南京司空見慣。拉貝認爲，南京浩劫期間，日軍至少強姦了2萬名婦女。拉貝這一數字還是比較保守的，最高可能達到8萬人。
其中，天野鄉三和他的中隊在南京的暴行最有代表性，此人時任中島第16師團野田第33聯隊第2大隊第8中隊長，雖然是個中尉，但由於上過陸軍大學，而且南京戰後，所在中隊又當了上海派遣軍司令官朝香宮親王的親兵，所以在軍中表現十分之驕橫。此人多次親自帶士兵進行強姦，曾對部下說：“在南京，搶劫、強姦、殺人，你們想幹什麼都行。”
南京又成了搶劫者的樂園。
對搶劫，日軍是避而不談的，他們用了另一個詞：“徵發”。一路上，由村至鎮，由鎮至縣，由縣至城，由小城至大城，日軍都有一種破壞狂的心理，衝進住宅和機關後，拿不走的東西，就摔在地上，再用腳亂踩。到了南京，這裡是九朝古都，歷史文化悠久，珍寶典籍無數，雖然南京陷落前中國方面有組織地向大後方轉移了一大部分財產，但還有不少財產無法或來不及運走。日軍入城後，大掠奪開始，在南京，沒有空着手的日軍，無數住宅、商店、機關和其他場所被洗劫一空。陷城後，日軍搶掠了大量珍貴文物。爲使洗劫更具有針對性，日本專門派出典籍、古物專家和特別行動隊，有計劃地對中國的名貴文物進行掠奪。
1937年的南京之冬，白日寒風慘慘，大街上到處是廢墟和魔鬼般遊蕩的日軍士兵；晚上，由於供電系統遭到破壞，殘存的市民更不敢點燈招來日軍，使往昔繁華的古都猶如黑暗的地獄死城。陷城初期，在南京活動的媒體人士，除日本隨軍記者外，還有少數美國和英國的記者，其中包括《紐約時報》的狄丁、《芝加哥每日新聞》的斯蒂爾、美聯社的麥克丹尼爾、路透社的史密斯以及攝影師門肯。12月17日之前，他們陸續離開南京，前往上海。離開南京時，他們目睹了江邊的屠殺：一邊是跪在地上等待被處決的中國人，一邊是嬉笑的日本人。正如麥克丹尼爾所說的那樣：“我對南京最後的印象是，死亡的中國人！死亡的中國人！死亡的中國人！”
美國傳教士麥卡倫當時留守南京，他在寄給家人的信中這樣寫道：
這是一段令人極端恐怖的事，我不知道從哪裡說起，也不知道在哪裡結束。
12月21日，日軍第6師團從南京開走；23日，第9師團開走；第114師團、山田支隊、第3師團第68聯隊等也陸續離開南京。這時候，只留下第16師團作爲警備部隊駐紮南京，師團長中島今朝吾則被任命爲警備司令官，司令部設在國民政府所在地，中島則住進了蔣介石的官邸。
中島將南京分爲兩部分，與手下的佐佐木到一旅團長分而轄之。佐佐木手下的野田聯隊和助川聯隊駐紮城內，草場辰巳手下的片桐聯隊和大野聯隊駐紮城外。
從12月22日起，殘酷的“清街”和“良民登記”行動開始了。由於其他部隊已撤離南京，這期間在古都的大街小巷呼嘯而過的盡爲中島第16師團的士兵。中島下令威脅殘存的南京市民，必須於三日內往指定地點領取“良民證”，逾期不至，將被處死。
在各個登記點，進行着“良民登記”，先由日軍軍官講話，隨後漢奸翻譯，誘惑人羣中的士兵、憲兵、警察和公職人員自動站出來，並對人羣中的青壯年男子的手掌、頭部、肩膀等處進行仔細檢查，以確定有沒有當過兵。就這樣，又有2000多人被揪出來屠殺。
但在最恐怖的歲月裡，中國人的反抗依舊存在：
12月中旬，一名潛藏在南京的中人，攜槍摸進第16師團的一個士官宿舍，一舉擊斃十多名睡在裡面的日軍小隊長一級的少尉和中尉軍官！日本海軍航空兵飛行員奧宮正武的回憶裡談到了這個事件。12月25日聖誕節那天他在南京逗留，在下關江邊發現日軍在處死十幾名中國人。他問原由，一名士兵說：“前幾天的夜裡，有一個勇敢的中國人侵入我們陸軍小隊長級的青年士官的寢室，那裡面睡着十個還是十一個士官我也不太清楚，中國人把他們全都殺了，所以他們的戰友和部下們爲了復仇而要處死那個宿舍附近的居民。”
直到現在，也沒有人知道那個中人後來的故事，是與日軍同歸於盡了，還是成功地脫險？無論如何，他都成爲南京城內抗擊日軍的一個鐵血傳奇。
即使是遭遇屠殺的中民，在最後的時刻也會爆發出怒火。在烏龍山下的一次屠殺中，有上萬人遇難。進行屠殺的是日軍的兩個機關槍小隊，就在日軍下手後，憤怒的軍民迎着噴射的火舌衝向幾十米外的日軍，雖然一片片地倒下，但最後無盡的人羣還是把這兩個機關槍小隊的日軍徹底淹沒了。這時候，站在高處準備焚屍滅跡的日軍汽車隊的士兵也不知所措，最後把油桶一個個推下斜坡，射燃後再次殺戮中民。這個回憶來自於山田支隊士兵藤原審爾的描述，他所說的極有可能是大灣子的那次屠殺。
就算是在最殘暴的日子裡，仍有人性的光輝。
1937年11月12日上海陷落，日軍分兵三路向南京疾進，美辦金陵大學董事會董事長杭立武和該校美籍教師貝茨、史密斯、米爾斯等人溝通，提議設立安全區，作爲一個非軍事化的中立機構，爲難民提供庇護。爲保護廣大市民和無家可歸的難民，南京市政府和衛戍軍司令部接受了這個建議。
南京安全區國際委員會成立後，主席由德國人拉貝（德國西門子公司駐京代表）擔當，安全區東以中山路爲界，南以漢中路爲界，西以西康路爲界，北以山西路及以北地帶爲界，相當於整個南京城面積的1/8。安全區裡設有五臺山小學、交通部大樓、最高法院、金陵大學、華僑招待所、司法院、金陵女子文理學院等25處難民所，及各國使館。
委員會由包括拉貝在內的15名外國人和1名中國人（杭立武后隨政府西遷）組成。南京陷落前，走了一批人，最後仍堅持留守南京的有：拉貝（德國人，西門子公司）、馬吉（美國人，美國聖公會）、貝茨（美國人，金陵大學）、史密斯（美國人，金陵大學）、米爾斯（美國人，美國北方長老會）、特里默（美國人，鼓樓醫院）、李格斯（美國人，金陵大學）、費奇（美國人，美國基督教青年會）等人。
南京陷落當天，國際紅十字會南京委員會也宣告成立，馬吉爲主席，委員有金陵神學院牧師麥卡倫、德國禮和洋行職員克勒格爾、鼓樓醫院外科醫生威爾遜、牧師福斯特、金陵女子文理學院教導處主任（代校長）魏特琳等人。
安全區需要得到交戰雙方的承認。中國方面已經承認，並拆除了安全區內的防禦工事；但國際委員會卻始終沒有得到日本方面的答覆，而這是事情的關鍵。拉貝有些忐忑。不過，他還是很樂觀的，甚至想等日軍進城後再跟他們協商，他們認爲這一切最終都不是什麼問題。
拉貝曾接納一隊正在撤退的中國士兵，在他的力勸下，那隊士兵放下武器進入了安全區。還有費奇，在他的堅持下，有4名不願放下武器的來自廣東的士兵交出了武器。當時，拉貝和費奇給他們的承諾是：保證其人身安全。但後來的情況讓二人悔恨萬分：沒過多久，最高法院難民所裡放下武器的中國士兵和平民大約1300人全部被日軍帶走屠殺。
拉貝終於意識到事情不像他想象的那麼簡單。
費奇則痛苦地寫道：
現在一切很清楚，他們（日軍）將要做什麼。這些人（中國戰俘和平民）排列成行，都被繩索捆綁，約一百人一組，由手持刺刀的日本兵監視；戴帽子的人，帽子被粗暴地扯下扔在地上，憑藉汽車前燈的亮光，我們看見他們正走向死亡。整個隊伍不聞一聲，我們心情沉重。那四個跋山涉水來自廣東、昨天勉強把武器交給我的士兵也在其中嗎？還有那個來自北方、滿身繃帶的中士，那個在決定自己命運時用渾濁的眼光盯着我看的人也在裡面嗎？
日軍的暴行讓安全區國際委員會的委員日夜難安，他們每天都向日本大使館和日本軍司令部進行抗議，要求日軍停止屠殺。上海總領事岡崎勝男、南京代理總領事福井淳以及大使館工作人員福田篤泰等人一度答應向日本軍司令部轉達安全區委員們的意見，但不見效果。福井淳告訴他們，已有一支憲兵部隊在維持南京的秩序了。當詢問這支憲兵部隊的人數時，日本人告訴委員們：17名。
17名憲兵維持涌進城中超過5萬名已喪失軍紀的士兵，這一切看起來多麼荒唐。
南京的25個收留所已聚集大批難民，進入金陵大學的人最多，接近3萬。其次是金陵女子文理學院，這裡和金陵大學宿舍難民所一樣，以收留婦女和兒童爲主。該學院的校長已在12月初隨政府機關西撤，留下教導處主任魏特琳女士任代校長。12月初，美國大使館通知魏特琳希望她離開南京，但被這位堅強、勇敢而善良的美國女士拒絕。
由於金陵女子文理學院的難民以婦女爲主，所以也就成爲日軍頻頻騷擾的地方。魏特琳在學院的門口插上美國國旗，但被日軍扯下來丟在地上。在白天，日軍用卡車把這裡的漂亮女生帶走，有的轉天送回來，有的一去無消息。晚上，更多的日軍散兵，或單獨，或三五成羣地翻過院牆，進入難民所強姦婦女。
爲了保護中國婦女不受日軍的傷害，魏特琳和委員們作了不懈的努力。費奇、米爾斯和史密斯專程來到金陵女子文理學院值夜班，徹夜地守在樓門口；貝茨則負責金陵大學的值班；麥卡倫負責鼓樓醫院的值班；拉貝甚至把自己的住所騰出來，收留了600多名婦女、兒童和老人，並一次次轟跑日軍。
1937年12月的南京，無論是中國難民還是外國友人，都度日如年。
從日本國內來的各種“慰問團”一個接一個抵達南京，其中包括由東京12所學校組成的“學生慰問團”。永富浩喜等日本學生一到南京，就被邀請去“參觀”。先是開來一輛卡車，車上裝了8名中國戰俘，一名日本少尉軍官提着刀，讓東京來的學生上車，隨後軍官帶着4個士兵也上了車，卡車出城開往下關江邊。在車上，日軍士兵叫中國戰俘坐下，然後拿鋼盔猛擊他們的腦袋，把東京來的學生嚇得夠嗆，那個少尉軍官則哈哈大笑，說：一會兒你們開開眼界！
下車後，是江邊的一塊空地，少尉軍官對東京的學生們說：現在，你們可以按自己喜歡的方式隨意處置這些中國人。
開始的時候，東京的學生們有點怕，但後來就開始肆無忌憚，他們當中的一些人是學柔道和空手道的，於是衝過去對中國戰俘拳打腳踢，反覆地摔着。
少尉軍官走到一個戰俘背後，對學生說：看！隨後抽出軍刀，猛地砍向戰俘的脖子。
南京浩劫的深處，包含着日本士兵對中國人的極度輕蔑，這種輕蔑自1894年以後在日本人的心中迅速瀰漫，在1937年的南京被最大限度地釋放出來。日軍的主要殺人方式包括：斬殺、射殺、刺殺、活埋、焚燒……當然不止這些，當把殺人變成一種娛樂時，各種花樣便出現了，比如用鐵鉤子將中國人的舌頭鉤出，然後拉着奔跑；比如用刀將中國人的耳朵削下串在一起，這樣的例子不勝枚舉。
很多日軍在單個殺戮時，其隨心所欲的程度令人髮指，具有一種“突然性”。藤原審爾回憶：他們幾個日軍士兵和一個爲他們挑行李的中國農民在火堆旁烤火取暖，烤着烤着，一個叫川忝的士兵大叫一聲：“我要幹啦！”隨後，這個士兵一把抱起那個中國農民，扔進火裡。
當時的日軍對一箇中國生命的消失，根本不當一回事。在殺戮中，他們心頭不曾有一絲驚悸；相反，體驗到了快感，再到後來，他們進行的殘忍殺戮，甚至只是出於“無聊”，日軍士兵田所耕三（第114師團）記錄：
爲了使俘虜有所畏懼，（我們）把他們的耳朵削下來；或把鼻子砍掉；或用刺刀****他們的口腔，順勢把嘴切開；或是在眼簾下橫着****一刀，白眼球就像魚眼一樣黏糊糊地垂下來，足有五寸。從登陸以來，好久好久纔有這點消遣，這些玩意兒都不幹的話還有什麼樂趣呢？
殘暴就這樣像瘟疫一樣在1937年冬天的南京蔓延着。