第49軍士兵很快縮了回去，跟兩個精銳的日軍常備師團在無險可守的地方野戰不是什麼好主意，在昨天和今天的戰鬥中，已經有超過2000多名中國士兵傷亡，要知道那還是在堅固的陣地中。第49軍的任務只是將日軍趕出他們連夜構築的陣地，順便繳獲日軍遺留的物資。
第三師團和第六師團連一次像樣的進攻都沒有展開就被趕了回了高安。當灰頭土臉的豐島房太郎和神田正種兩名師團長出現在第四師團長北野憲造中將面前的時候，這名中將剛剛吃完午飯。
兩個師團幾乎丟失了全部的重武器和給養，兩個I大隊一直將他們趕到了高安才被第四師團的防空炮火擊退。此間雖然日本陸軍的戰鬥機企圖驅趕這些攻擊機，結果被一直遊弋在上空的第四大隊截住。此戰兩個師團的戰損率高達40，要知道他們一路從武漢進攻到南昌才傷亡了不到1000人，可知制空權的重要性。在休整完畢之前，兩個日軍師團是暫時無法加入戰鬥了。
北野憲造心中暗暗慶幸領到了阻擋援軍的任務，在預設的陣地中，在完善的防空火力下，中國空軍不太敢那麼大規模地轟炸。
雖然西路軍的威脅暫時接觸了，不過中路和東路的形式卻嚴峻了起來。隨着關東軍的6個師團和1個戰車旅團全部運動到南昌城外，他們所攜帶的防空炮火依次展開。各個物資集結基地、重要的中轉站、炮兵陣地等被武裝得像刺蝟一樣。鑑於在空中力量上失去了優勢，從年初開始，陸軍部就着手爲所有野戰的陸軍大量裝備防空武器，主要包括高射炮、高射機槍，甚至獨立戰車一旅還裝備了安裝在裝甲車上的自行高射炮。
日本陸軍的主要武器是在滿洲生產的，所以關東軍近水樓臺，優先裝備了大量的防空武器。特別是在上高會戰和中條山會戰結束後，日本陸軍更是意識到防空的重要性，紛紛增加了更多的類似武器裝備。連步兵聯隊中都有專門負責防空的大隊，跟炮兵一個待遇。
在如此優勢的防空火力面前，新一軍的陸航一團沒有撿到多少便宜，反而被擊落了10多架I-153攻擊機。陸航一團對前線的支持漸漸慎重了起來，這樣一來，日軍在火力方面的優勢重新明顯了起來。正面對敵的第74軍和第70軍的形勢漸漸緊張起來。
7月28日，獨立戰車一旅終於找到了出擊的機會。數十輛97式中型坦克伴隨這大量的步兵加入到衝鋒中。即使是精銳的74軍也難以抵杭，第51師師長李天霞在撤退中犧牲，連第74軍軍長也險些被突進來的日本兵攻擊到軍部。在警衛營的死命抵抗下才率領殘部退入了南昌城。
同樣，守在南昌東面的第70軍也在3個關東軍師團的輪番進攻下損失了大量的人員和武器，不得已放棄城外的陣地。
進入南昌城後，兩個軍的士兵發現這跟幾周前已經大變了模樣。街道上搭起了街壘，臨界的房屋被開出了射擊口。走進去看的話還可以發現這些房屋都被打通了，可以很方便的從一個房屋撤退到另一個房屋。地下和高處的各種設施也被利用了起來，整個南昌城變成了一個錯綜複雜，立體式的防禦陣地。也許只有新一軍能搞明白它如何使用。
第19集團軍的司令部就在南昌城中原中國銀行的金庫所在地，當然現在這裡沒有一塊黃金。大理石的建築保證了炮彈即使直接命中他也不會造成太大的風險。將日軍放進來打巷戰是迫不得以的方法，只有這樣才能最大程度地抵消日軍的火力優勢，而發揮己方在地利上的優勢。不過最大的壞處是南昌機場就無法使用了。因爲現在中路的日軍已經可以利用重炮轟擊到南昌機場。駐紮在這裡的陸航一團和中國空軍戰鬥機大隊逐批撤回了長沙機場，導致長沙機場一片擁擠。裝備部在長沙橘子洲緊急搞出一個野戰機場才勉強裝下那麼多的飛機。還好在這個時候的飛機指需要一個相對平整的道路就可以起飛。
在一週的防禦作戰中。第70軍和第74軍傷亡了兩萬多人，剩下的4萬人退回了南昌城，跟3萬新一軍士兵一起。他們將面對關東軍6個師團和一個戰車旅團的10萬人的進攻。在前期的作戰中關東軍傷亡了3萬人，其中一半以上是陸航一團的攻擊機造成的。雖然新一軍並未參加前期的進攻，但是它卻是戰果最大的，這說明軍委會重金打造的新一軍模式是成功的。現在除了守住第19集團軍退路的南昌西郊的第49軍外，第19集團軍已經將全部的力量都投入到即將進行的巷戰中來了。在作戰飛機從南昌機場撤走的同時，大量的作戰物資還在通過運輸機源源不斷地運到南昌機場。即使在南昌機場被炮擊所威脅不能再起降飛機後，這些運輸機還能在戰鬥機的掩護下進行空投，畢竟只有地面的防空炮火可以威脅到他們，在空中，日本人更本沒有任何可以拿得出手的東西。
巷戰是殘酷的。從第二次南昌會戰進入到巷戰的階段，雙方都打紅了眼。一條街一條街，一棟房屋一棟房屋地爭奪。日軍的火炮在城市中難以發揮在野外的作用，而其賴以突破中方陣地的坦克在進入街道後被隱藏在房屋中的反坦克炮炸燬了幾輛，其他的立即退出了巷戰區域，再也不敢加入進來了。
17萬人在南昌城中廝殺了數日，將原本就破舊的南昌城徹底破壞成了一片廢墟。時間進入7月後，中日雙方都發現難以接受巷戰的損失。一方面日軍原本在華中的兵力就不足，抽調過來的6個關東軍師團全部填入了巷戰這個黑窟窿。原本第11軍的第3、4、6三個師團則被第九戰區的其他軍隊圍困在了高安，抽不出兵力從另外一方進攻南昌。
而國民政府軍委會則也爲精銳的部隊在巷戰中損失掉感到無比心疼，特別是蔣委員長。第74軍和新一軍是中央軍中最精銳的兩個軍，現在在巷戰中損失慘重。要知道蔣某人就是依靠這些中央軍來對抗地方軍閥的。於是蔣介石心生了退意，開始後悔起來當初意氣用事決定死守南昌的打算。在失去空中掩護後，他才發現，日本陸軍的戰鬥力並沒有降低，特別是訓練了很長時間的關東軍，以前在上高，在中條山的大捷很大程度是依靠空軍的優勢得到的。
中日雙方開始不約而同地放慢了腳步，軍委會向第九戰區下令，要求立即打通前往南昌的道路，將陷入巷戰的第19集團軍營救出來。
在遭受了較大的損失後，第15集團軍、第27集團軍和第30集團軍在新一軍的陸航一團和空軍第四飛行團的攻擊機大隊的掩護下終於將日軍第四師團和第3和第6師團的殘部趕出了高安地區，重新佔領了這個南昌到長沙的重要路口。然後第74軍，第70軍和新一軍則緩慢地退出了已經成爲一片廢墟的南昌城，在空軍投擲的凝固汽油彈組成的火牆下，日軍停止了追擊。
隨後第19集團軍的殘部由第49軍殿後，退到了高安附近的山區休整。日軍終於重新佔領了夢寐以求的南昌城，不過現在南昌城已經變成了一片廢墟。爲了佔領它，日軍足足付出了10萬人的傷亡，數十輛坦克和大量的卡車被擊毀，損失轟炸機一百餘架，戰鬥**十餘架。日軍的傷亡中，有5萬人是在巷戰中死傷的。日軍悉心研究了中國人的巷戰戰術，發現有很多受到啓發的地方，善於學習的日本人派出專門的人來研究了殘留在南昌中的巷戰工事，這些經驗讓他們日後在南太平洋地區、在印度支那和在日本本土給美國人造成了重大的傷亡，這是後話不提。
清點損失後，軍委會發現第19集團軍損失過半，只剩下6萬的有效兵力。雖然已經做好了充足的準備，但是在巷戰中還是損失了4萬人。第九戰區的其他部隊損失了大概4萬人，相比起來此次會戰中中日雙方的戰損率大約一比一，這已經是較好的成績了。不過遺憾的是丟掉了南昌城。
第二次南昌會戰讓國民政府中持速勝態度的那羣人打消了盲目的樂觀，重新審視了中日雙方的力量對比。而空軍的作用再一次被證明，至少日軍的傷亡中，除了巷戰的那一部分外，一半以上是攻擊機造成的。新一軍的作戰模式得到了推崇。第19集團軍司令羅卓英接到命令帶着殘餘的6萬人回到重慶接受改編。按照新一軍的模式，將第19集團軍改編成隸屬新一軍、新二軍和新三軍的3個滿編軍，剩餘的人從傷愈的老兵和補充兵中選拔。
對於日本人，已經沒有多少擔心的，他們已經失去了前進的動力，在繼續進攻之前，需要補充大量的人員和裝備。第三戰區和第五戰區的正規軍以及敵後的游擊隊已經活躍了起來，第11軍不得不將關東軍增援部隊分散到已經佔領的城市中鞏固那裡的防禦，因爲在上高會戰和第二次南昌會戰中，第11軍損失了大量的精銳部隊。所以現在戰局已經進入平衡，在雙方重新集結大量的兵力之前暫時平靜了下來。