十月十日，首義紀念會場設在前清萬壽宮，宴會廳設在抱冰堂。
兩個場所附近皆駐軍隊，旁架機關槍，預防變亂。參加會議的人限制極嚴，各行政官署、局、所、學堂、軍隊只准派二名代表入場，其他一概不準入內。
袁世凱這日發佈大總統令，授黎元洪勳位。特派哈漢章前來參加武漢的紀念會，並帶來授與黎元洪的嘉禾勳章一枚，以及紀念祭文一道。
黎元洪佩戴此嘉禾章，在首義週年紀念會上發表演說，他讚頌一番“中華民國共和立憲政體”誕生，然後便把民國成立一週年“國基未固，民生未寧，秩序未復，紀綱未振，風俗未淳，奸宄未戢”等等現象主要歸咎於鬧事的黨人。對袁世凱則投桃報李，不惜把辛亥革命的功勞完全歸於袁：“元洪得有今日，武昌得有今日，中華民國得有今日，皆我大總統旋乾轉坤，與各都督宣戰議和。”
黎元洪演說之後，惟恐黨人會有非常舉動，匆匆離開會場，連國慶宴會也未敢參加。
首義紀念日在機槍、大炮保護之下過去，但局勢遠未平定。一九一三年陰曆年關，又發生“同志乞丐團”的反黎活動。
同志乞丐團的主力是退伍軍人。據他們自己說，因“謀生乏術，日食維難，曾上書黎氏求籌生計，被置之不理”。於是以胡某等爲首，聯合被迫遣散而生活無着的起義官兵組成同志乞丐團，設立事務所，印發傳單，共謀乞丐生路。
臨近舊曆年關，同志乞丐團向各富戶告貸年費，於是各“偉人鉅子公館鹹有破衣無褐輩”要求資助，此去彼來，絡繹不絕，甚有成羣結隊硬索巨數，不予不走。
黎元洪“惟恐聚衆，茲擾來府，別蓄隱謀”，即派人攜銀一萬二千元，交給該發起人按名遣散。同志乞丐團拒卻不受。
當黎元洪獲悉該團參與革命黨人活動，組織秘密機關，準備發難後。黎元洪隨即派軍警進行抓捕，抄封機關、搜查軍械。捕獲之人皆由軍法處秘密處死。
城內宣佈戒嚴，每日下午二時即閉城門，除軍警、憲兵外，又加派正式軍隊二營公駐各街巷，並加派楚材號軍艦逡巡武漢。特飭警廳出示禁放鞭炮，甚至不準商鋪停貿閉市，不準舉辦慶祝活動。
以至商民“無不嗟怨共和反不如專制之自由也”。
湖北輪軌交匯，處於舉足輕重的戰略地位，北軍南下可以長驅湘、粵，東進可直搗贛、皖，是“二次革命”爆發前夕孫中山、黃興力爭之省。他們派人遊說黎元洪，勸他至少保持中立，“勿惑於袁氏之才略能定大局”。豈料黎卻抱定“非袁則亂”宗旨，表示“堅定擁護項城”，“必力助袁總統”，站在袁世凱一邊。
一九一三年三月二十日，上海發生震驚全國的宋教仁謀殺案。三月二十五日，湖北革命黨人田桐由上海回到武漢，攜帶一封黃興致季雨霖、詹大悲、蔡濟民、蔣翊武、熊秉坤、蔡漢卿的密信，其中稱“遁初慘遭狙擊，經據兇手具吐實情，令人駭怒。大憝未除，必滋後悔。吾黨同志，務當振奮精神，從新努力”。
兩天後，由季雨霖出面，在武昌曇華林宴請各部隊團長以上軍官和政界知名人士十多人，會後成立改進團。推季雨霖、熊秉坤、曾尚武爲首，以“改進湖北軍政，繼續努力進行革命事業”爲號召，彰明較著“以推翻今政.府爲主義”，並散發傳單，聚衆演說，雲“非推倒項城(袁世凱)、黃陂(黎元洪)及諸官僚，吾民終不能享共和幸福”。
改進團由季雨霖、蔡濟民、詹大悲、吳醒漢負責“倒黎反袁”軍事行動方面的佈置，楊王鵬、溫楚珩等負責聯絡和總務。
設秘密機關於漢口碧秀裡和武昌大朝街、巡道嶺等處。
改進團主要採用請喝酒、敘舊情等方式，聯繫在軍隊中擔任職務的黨人。以他們所掌握的武裝爲基本力量，同時廣泛招納退伍和失意的閒散軍人以及會黨羣衆。又在會黨活躍的荊襄一帶遍設機關，發展組織，“旬日間擁衆數萬人”。
五月二十日，改進團的重要成員容景芳正在漢口如壽裡請客，被黎元洪的偵探破獲，當場逮捕在座的旅、團長多人。接着又偵破改進團的秘密機關多處，捕拿數十人。黎元洪命令秘密處決二十多人，同時下令通緝改進團首要分子季雨霖、熊秉坤等。
季雨霖、蔡濟民、詹大悲、吳醒漢、熊秉坤等先後逃離到上海和湖南。
湖北革命黨人幾經鎮壓，黨人被殺得已差不多寥落殆盡、所剩無幾，且難以在湖北立足。因此，在以後的“護國”、“護法”兩役中，湖北始終未能掀起大的波瀾。
如果說同盟會和民社的相互攻擊，是民主陣營的內鬥。而湖北的倒黎活動和黎元洪對倒黎勢力的鎮壓，則是民主陣營的自殘，自相殘殺。在這場惡鬥中，黎元洪雖然是被動的一方，是爲了自保，但他對黨人的血腥殺戮，也肯定是罪責難逃。從此，黎元洪除了泥菩薩外，又有了個新綽號——黎屠夫。
想當初，黎元洪奉命帶兵去江西萍鄉，彈壓那起土匪冒充革命黨人的暴動。出發前，因爲搞不清暴動的是土匪還是革命黨，黎元洪專門給軍官們開會。特別強調，此次軍事行動，一個重要問題，是要搞清楚暴動的是革命黨還是土匪，對二者是要不同對待的。
現在，站在他面前的都是革命黨人。他卻不分青紅皁白的大開殺戒。人們常說，就怕革命革到自己頭上。是的，事怕關己，當革別人命時，可以很超脫，而革命革到自己頭上就不一樣了。或許，這就是個人的侷限性。
經過一番殘酷的鎮壓，黎元洪的統治剛剛穩固一些，更大的威脅又降臨在他的頭上。
自張振武案後，黎元洪已經身不由己，只能靠向袁世凱。
二次革命時，黎更是一面倒向袁，袁世凱也沒辜負黎，一個勁給黎元洪戴高帽子。曾親筆寫“民國柱石”四個大字制匾送黎。袁和國民黨決裂後，又親書“中華民國副總統府”八個字，製成寬五寸、長四尺八寸的長匾，派專使送到武昌來，掛在都督府門外。
儘管黎元洪不遺餘力的追隨，可是袁世凱終於不把黎當做自己人，更不放心把這位“民國柱石”擺在湖北都督的位子上。
早在袁世凱接收南京臨時政.府時，就發表過以黎爲參謀總長的命令，其用意是想以這個位高而無實權的位子來交換湖北都督職位。二次革命時，袁在對南方用兵過程中，一忽兒要黎兼領江西都督，一忽兒要黎兼領湖南都督，其目的都是在繞着圈子要把黎調出湖北來。
而黎元洪呢？也不傻，他雖然是處處順從袁，但是在這件事上卻寸步不讓，就是不肯離開自己的老窩，不肯離開湖北。
在對南方用兵時，袁世凱本有一個企圖，是借軍事理由，派段芝貴率兵入鄂，這是“假途滅虢”的故計。只是黎元洪這個時候全身心的維護他，使他找不到進軍湖北的藉口。
在鎮壓了二次革命後後，袁便不止一次用“久仰、渴慕”等甜言蜜語引誘黎元洪北上和他見面，黎則推三阻四，想盡理由來婉拒北上。
袁終於忍耐不住了，下決心解決黎元洪和湖北問題。於是在民國二年十二月八日，密電召黎入京，同時特派段祺瑞到漢口勸駕。
段祺瑞八日到達漢口，黎元洪當然知道段是袁的第一號心腹大將，派這樣一位角色來請駕，是絕對不好應付的。
段催促得很急迫，要求黎立即動身。黎深知此次情況不同，不北上是不可能了。便邀集左右，舉行了一次秘密會議，決定派都督府參謀長金永炎代理都督，自己抱着入虎穴的心情決定入京走一遭。
段祺瑞在湖北只和黎元洪匆匆一面，就替黎預備好到北京去的專車，十二月九日當面催促黎動身。
十二月十日，黎元洪正在北上途中，北京發佈了總統命令：派段祺瑞權代湖北都督，派周自齊代理陸軍總長。
黎元洪的專車到了北京，袁世凱派自己所乘的金漆朱輪馬車到車站迎接，這輛馬車在十四個月前曾用以迎接革命領袖孫中山先生。
黎所受到的熱烈而隆重的歡迎，也不下於歡迎孫中山。
袁世凱同時手令規定黎副總統月俸一萬元，辦公費二萬元。這和前一年袁授孫中山爲全國鐵路督辦時的月俸三萬元，是一個也不多，一個也不少。
爲了答謝袁大總統，黎元洪上書道：“竊元洪屢覲鈞顏，仰承優遇，恩逾於骨肉，禮渥於上賓，推心則山雪皆融，握手則池冰爲泮。馳惶摩措，誠服無涯，伏念元洪忝列戎行，欣逢鼎運，屬官吏推選之衆，承軍民擁戴之殷。王陵之率義兵，堅辭未獲，劉表之居重鎮，勉力難勝。洎乎宣佈共和，混一區夏，蒙大總統俯仍舊貫，悉予真除。良以成規久圯，新制未頒，不得不沿襲名稱，維持現狀。
“元洪亦以神州多難，亂黨環生，念瓜代之未來，顧豆分而不忍。思欲以一拳之石，暫砥狂瀾。方寸之才，權撐圯廈。所幸仰承偉略，乞助雄師，風浪不驚，星河底定。獲託威靈之庇，免貽隕越之羞。蓋非常之變，非大力不能戡平；無妄之榮，實初心所不及料也。夫列侯據地，周室所以陵遲；諸鎮擁兵，唐宗於焉馳廢。六朝玉步，蛻於功人；五代干戈，胎自驕將。偶昧保身之哲，遂叢誤國之愆。災黎填於壑而罔聞，敵國入於宮而不恤。遠稽往乘，近覽橫海，國體雖更，亂源則一，未嘗不哀其頑梗。
“前者贛水弄兵，鐘山竊位，三邊酬諸異族，六省訂爲同盟。元洪當對壘之衝，亦尚盡同舟之誼。乃罪言勿納，忠告罔聞，哀此苦心，竟逢戰禍，久欲奉還職權，藉資表率。只以兵端甫啓，選典未行，暫忍負乘致寇之嫌，勉圖拋杖觀成之計。孤懷耿耿，不敢告人，前路茫茫，但蘄救國。今者列強承認，庶政更新，洗武庫而偃兵，敞文園而弼教，際四海困窮之會，急起猶遲；念兩年患難之場，回思尚悸，論全局則須籌一統，論個人則願乞餘年。
“倘仍恃寵 長留，更或陳情不獲，中流重任，豈忍施於久乏之身，當日苦衷，亦難曝諸無穆之口，此尤元洪所冰淵自懼，寢饋難安者也。伏乞大總統矜其愚悃，假以閒時，將所領湖北都督一職明令免去。元洪追隨鈞座，長聽教言，汲湖水以澡心，擷山雲而煉性。幸得此身健在，皆屬解衣推食之恩；倘遇邊事偶生，敢忘擐甲執兵之報。伏居待命，無任屏營。謹呈等因。”
袁復黎書：“來牘閱悉，成功不居，上德若谷，事符往籍，益嘆淵衷。溯自清德既衰，皇綱解紐，武昌首義，薄海風從。國體既更，嘉言益著。調停之術力竭再三，危苦之詞書陳累萬。痛洪水猛獸之禍，爲千鈞一髮之防。國紀民彝，賴以不墜。贛寧之亂，坐鎮上游，匕鬯不驚，指揮若定。呂梁既濟，重思作楫之勳。虞淵弗沈，追論撝戈之照。凡所規劃，動系安危，偉業豐功，彪炳寰宇。時局粗定，得至京師，昕夕握譚，快傾心膈。褒鄂英姿，獲瞻便坐，逖琨同志，永矢畢生。每念在莒之艱，輒有微管之嘆。
“楚國寶善，遂見斯人。迭據面請免去湖北都督一職，情詞懇摯，出於至誠，未允施行，復有此牘，語重心長，慮遠思深，志不可移，重違其意，雖元老壯猷，未盡南服經營之用，而賢者久役，亦非國民酬報之心。勉遂謙懷，姑如所請。國基初定，經緯萬端，相與有成，期我益友。嗣後凡大計所關，務望遇事指陳，以匡不盡。昔張江 陵恆言吾神遊九塞，一日二三。每思茲語，輒爲敬服。前型具在，願共勉之！此復。”
這兩封信，全是言不由衷，假得可笑。
辭卸湖北都督的黎元洪被安置在瀛臺下榻，這實在是一個極大的諷刺，因爲這個地方正是慈禧幽禁光緒的地方。