朱駿聲的《說文通訊定聲》、章學誠的《文史通義》等著述中，滿滿地真知灼見，但直到清末才引起人們的重視。對此，蔡元培很爲這二人和他們的著作不平。
他“深服膺章實齋氏言公之儀，尤其贊同章氏先有繁博長編，後有園神的正史，以及史記中人名地名須詳列檢目，以備查考等具體主張，奉之爲治史的典範”。
如果說朱駿聲、章學誠的著述對蔡元培的影響，還僅限於文字和史學等學術範圍，而俞正燮的兩部書則蔓延到了社會思想方面。
俞正燮（1775年10月1日～1840年5月13日），清代學者。字理初，安徽省黃山市黟縣人
俞正燮雖出生於書香之家，但自幼家境貧寒。其父俞獻“工駢體隸事，尤熟掌故”，曾先後主講河南聞政書院，任江蘇句容訓導，以及安徽廬江教諭等職, 薪俸並不豐厚, 膝下孩子卻有很多, 又不幸於嘉慶六年(1801)十一月離世，時年僅五十三。俞正燮身爲長子, 自二十七歲起就擔負起撫養母親妻小和五個弟弟的重擔。從此，他爲了一家人的生計活路而四處奔波忙碌。
迫於生活壓力，只得揹着行李書袋，走遍大半個中國。以替人編書校書，以及授徒講學所得酬勞養家餬口，勉強度日，他的學問是在極其艱難環境下做出來的。
俞正燮一生勤於著述，碩果累累，不過因他是一介寒儒，諸多文稿卻無力自行結集出版。只是到他五十九歲時，由其房師王藻商諸及門孔繼勳、邱景湘、吳林光，醵金付雕而成，“釐其校正者十五卷爲正集，餘爲外集，以俟續梓。題爲《癸巳類稿》，明是編之輯成於癸巳也” 。而另一部《癸巳存稿》十五卷，則是“及《類稿》既竣，賣其書稍有餘貨，乃覓鈔胥，爲寫未刻之稿” ，且在俞正燮逝後七年，由其友人張穆等捐資刻印成書。這兩部書，真可謂是俞正燮一生心力交瘁之作。
獨特的生活閱歷和他求實的治學態度，使他能夠以獨特的視角，正視社會現實，對許多社會問題都有獨到的見解和領悟，在清代乾嘉以來的學者中，可謂獨樹一幟。他的著作涉獵廣泛，經史諸子自不必說，天文、醫藥、方言、釋典、道藏，乃至邊疆問題，鴉片緣起，社會習俗，無不在他的精研詳考之列。最可貴的是他常常於考述之餘，直抒胸臆，陳古刺今，即所謂的“窮理盡性”，尤其對於男女不平等的社會現實多所鍼砭。
俞正燮的書，讓勤于思考，求知慾正強的蔡元培大受啓發。他在晚年稱：自十餘歲就接觸俞氏著作，“深好之，歷50年好之如故”，其原因是他“認識人權，認識時代”。 俞氏書中“對於不近人情的記述，常用幽默的語調反對他們，覺得有趣得很”。
毫無疑問，俞正燮的書對於蔡元培後來掙脫傳統理學的束縛，是十分重要的啓蒙。
1885年，19歲的蔡元培第一次赴省城參加鄉試。乘坐烏篷船，船行一夜就到了杭州。這是他第一次離開家鄉，外邊的世界讓他處處感覺新鮮，風光秀美的西子湖更讓他流連忘返。
考場緊張而深嚴。“相繼六天入居場屋”，須作“四書文三篇，五言八韻詩一首，五經文五篇，對策問五道”。三場考試結束，剛好是中秋月夜。
蔡元培此次參加科考，純屬是嘗試和體驗，不中本意料之中事。但這次科考失利，還是促使他做出了一些改變。第二年，他就不再擔任塾師，經由同鄉先輩田寶祺介紹，到紹興望族徐樹蘭府上，充當其侄徐維則的伴讀。
田寶祺，字春農，山陰（今浙江紹興）人。光緒十四年（一八八八）舉人。能寫意花卉，善古文，工詩。蔡元培的六叔在他家任塾師多年。田氏極賞識蔡元培的才華，所以將他推薦給徐樹蘭。蔡元培也將田寶祺視爲“生平第一知己”。
徐樹蘭（1838～1902），字仲凡，號檢庵，清代山陰（今浙江紹興）人。光緒二年（1876）舉人，授兵部郎中，以輸資爲候選知府，被用爲道花翎鹽運使，此時，他因母病告歸。
這是個對蔡元培十分重要的人。光緒二十二年，與羅振玉等在上海創辦農學會及《農學報》，並與胞弟徐友蘭等於光緒二十四年在上海黃浦之濱置地百畝，採購各國農作物良種，開闢種植試驗場。熱心於文化公益事業。
光緒二十三年（1897）創辦中西學堂，聘請中西教習，聘蔡元培管理學務，開譯學、算學、化學等課，培養人才較多。又組織修築海堤，建西湖閘，設義倉，立救疫局等。一生中最突出的貢獻，是捐資創辦紹郡中西學堂和古越藏書樓。
古越藏書樓”的創辦，正處於中國古代藏書樓的消亡和近代圖書館的興起之際，爲藏書樓向圖書館的過渡有着劃時代的、承上啓下的歷史作用。它的“存古”與“開今”的主張，適應新學書籍的收藏和宣傳，開拓了近代分類體系的新途徑，因此它在中國圖書館事業史上有其特殊的地位。
徐樹蘭病逝後，藏書樓事務由徐爾谷主持，馮一梅編撰並刊行有《古越藏書樓書目》35卷。國內外圖書館界都一致公認，“古越藏書樓”是近代中國第一個公共圖書館。該館1924年停辦，現更名爲魯迅圖書館。
當然，這爲後話。
這時候的徐樹蘭，接觸了蔡元培幾次後，深爲蔡元培的才學而打動，併爲他們後來的合作奠定了基礎。
徐樹蘭府離蔡元培家很近，所以選擇徐家，這是個重要因素。因爲蔡元培的母親這時病得很重，他要就近照看。
蔡元培事母極孝，有一段割肉救親的故事。
蔡元培的母親很年輕就守了寡，一個人要拉扯三個孩子，長期的勞累使她老人家積勞成疾。這一年母親胃病加劇，服了很多藥卻一直不見好。他每天都在母親身邊侍奉，煎藥餵飯，毫不懈怠馬虎。
有一天，蔡元培聽人說割臂肉入藥可以愈病延壽，於是瞞着家人自己悄悄地找了把刀子，把左臂上的一小片肉割下來，和入藥中煎好，讓母親服下去。蔡元培的三弟聽說哥哥這麼幹，竟也仿效哥哥，割臂肉入藥醫治母病。
因爲，割肉入藥是必須讓人知方能有效，這個行爲讓蔡元培兄弟深受左鄰右舍鄉親們的讚歎。
在今天來說，這實在是件很蠢的事。但在當時來說，這是孝敬父母的最高表現。在同一個時代，還有一個割肉救親的故事，發生在近代禪宗泰斗來果禪師身上。
在他的《自行錄》裡有這樣的自述：“餘十八歲時，父染隔食病餘，飲食未沾，身體羸瘦，氣絕如縷，百醫難治，束手無策，衣衾棺槨已爲備辦，待死而已。每閱前賢多方行孝，挽救親痾，我何人乎，其不愧歟？由是立誓，願捨生命，贖父病痊，如不能生，誓死替父。即夜避去家人，孤身危坐，取快刀、飯碗、磨刀石，各件具備，以刀割裂胸口，不料割開後，刀口三寸寬四寸長，大氣直衝，又恐氣息不從喉出，乃急解褲帶一根，當刀口束住，熱氣止出，氣從喉上，方始放心，否則危急萬分。迨至數日後，復求神佑，刀傷早愈，免使人知，令父不悅。即夜夢中見一老者在前，用手抹擦數轉，無言而去。次早掀胸私看，刀口合縫，還復如故，誠心感召，神必有靈，可謂無妄矣。”
還有一個近乎白話文的版本：“十八歲時，禪師的父親病重。禪師侍奉牀前，父親病危彌篤之際，禪師說：歷來大德都孝心之舉，何來我不可？於是先獨自僻靜室跪於佛前，焚香淨身,乞求加持，良久,取刀於正胸自己劃開，刀鈍再磨，反覆幾次終於劃開。此時刀和身體上都無血，手伸進去，一團極圓的幹血（佛菩薩加持）球滾將出來，落在掌心，置於盆中。再伸手進去，將三分之二的肝割了出來。肝在手中如沸水跳動，傷口不能合攏，直冒熱氣，取腰帶裹衣紮緊。肝包在豆腐裡鈍了，端去父親病榻前。父親食過再要，禪師只有好言安慰。不多時，父親轉危爲安，直到病癒。”
來果禪師（1881-1953），俗家姓劉，名永理，字福庭。湖北省黃岡縣人。出家後，法名妙樹，字來果，號淨如。
由此可見，在那個時代，傳統的孝道是深入人們骨髓之中的。對父母的孝敬，再擴展到對他人的忠恕仁義，這些都造就着人們的剛烈之氣和捨生取義的情操。由來果禪師的這一段自述，也可以聯想，剛剛成年的蔡元培的血氣方剛與對慈母的情懷，以及受傳統的倫理觀念影響之深。
但是，蔡元培摯愛的母親終於沒有抵擋住死神，撒手人寰。
母親去世後，蔡元培悲痛欲絕、號啕大哭。爲表達對母親的哀思，他不顧家人勸阻，按照傳統禮教中的指示，“夜則睡草蓆、枕土塊爲母守靈”。
其兄弟看到這種情形，也把牀設在靈堂，陪他一同守靈。
在母親靈前，蔡元培眼前浮現着慈母生前一幕幕的往事。
晚上，蔡元培在燈下讀書，母親總是陪在身側，有時見兒子困頓了，便督促其早點歇息，而到翌日又早早喊蔡元培起來讀書，說早睡早起，學習的效果更佳。
每次參加科考，母親都早早起來做飯，爲兒子收拾行裝。……
蔡元培在其“自述”中言道；“我母親是精明而又慈愛的，我所受的母教比父教爲多，因父親去世時，我年紀還小。……我母親最慎於言語，將見一親友。必先揣度彼將怎樣說，我講怎樣對。別後又追想他是這樣說，我是這樣對。我錯了沒有？切時時擇我們所能瞭解的，講給我們聽。爲我們養成慎言的習慣。
“我母親爲我們理髮時，與我們共飯時。常指出我們的缺點，督促我們用功。我們如有錯誤，我母親從不怒罵，但說明理由，令我們改過。若屢教不改，我母親就於清晨我們未起時掀開被頭，用一束竹筱打股臀等處，歷數各種過失，待我們服罪認改後已。選用竹筱，因爲着膚雖痛，而不至傷骨。又不打頭面上，恐有痕跡，爲見者所笑。我母親的仁慈而懇切。影響於我的品性甚大。”
蔡元培深知，母親對他的希望最大，殷切希望他能學有所成，光耀門庭。在母親靈前他暗暗下定決心，一定要更加刻苦地讀書，以便求取功名、光宗耀祖，報答母親的養育之恩。