建文帝時時感受到藩王的威脅，不得不與親信大臣齊泰、黃子澄、方孝孺等計議削藩。
隨後，建文帝又先後廢湘王、齊王、代王、岷王等四王，目標直指燕王朱棣，可惜建文帝並未意識到他的行動實際上已經打草驚蛇。
燕王朱棣當然不會坐以待斃，在他的封地北平起兵，發動“靖難之役”，藉口“清君側”：以誅齊泰、黃子澄爲名，矛頭卻直指建文帝。
建文四年六月，燕軍渡江直逼南京城下，谷王與曹國公李景隆開金川門迎降，南京城破。
建文帝欲出迎，左右悉散，惟內侍數人而已，乃嘆曰：“我何面目相見耶！”遂闔宮自焚。
燕王立即派遣太監前往救援，無奈來不及，太監把建文帝的屍體從火中找出。
八天之後，朱棣以天子禮葬了建文帝。
當時建文帝有兩個皇子：長子朱文奎七歲，次子朱文圭才兩歲。朱文圭被成祖幽禁在廣安宮，直到英宗天順年間才被放出來，當時已經五十七歲，由於一直被關在宮內，出來時連牛馬都分辨不清。
建文帝長子的朱文奎在建文帝親信侍衛石階、吳剛、公孫展、向江四人保護下，趁亂喬裝逃出了皇宮。
爲避朱棣追殺，先後輾轉雲貴、江浙一帶。
無論日子多苦多難，四親信侍衛始終對朱文奎不離不棄，一起謀求復國，創建幫會順義幫，任石階爲幫主，其他三名侍衛爲副幫主，培植勢力，聯絡商賈，籌銀籌糧，操練兵馬。
後來有人泄密，朝廷派錦衣衛剿滅了順義幫。
朱文奎臨終前將愛女硃紅許與石階之子石文，託石文好好扶植愛子硃砂，相機奪回皇位。
石文夫婦爲保朱氏血脈，只好流落天崖。
朱石兩家此後數代皆隱山林，習文練武，單丁相傳，但擇偶甚嚴，所生子孫皆相貌俊雅。
慢慢地，朱石兩家子孫謀求復國之心熄滅。
萬曆十年，石飛揚出生。
萬曆十八年，石飛紅出生，其父即送石飛揚入少林護心意拳門下學藝。
萬曆二十六年，石飛紅八歲，父母雙亡。
石飛揚時年十六歲，下山拜祭父母，並在恩師圓規授意下，拜雄櫻會總舵主石英鐘爲義父。
石英鐘闖蕩江湖大半生，始創雄櫻會，因身體傷殘，無子嗣，見石飛揚相貌俊雅，又皆是姓石的，自然喜歡，收石飛揚作義子。
石飛揚後送親妹拜入雲海天門下，途中又得圓癡大師傳授予“如來神掌”與“神龍爪”兩門武林絕學。
他一路行俠仗義，很快在江湖上闖出名堂。
其時吳剛後人“鐵掌”吳忠、公孫展後人“飛鷹神探”公孫文、向江後人“鐵笛秀才”向坤也尋來雄櫻會，與石飛揚相見，好不開心。
因石飛揚繼承先輩謀求復國之用的大筆遺產，富可敵國，隨便捐贈石英鐘一張小藏寶圖，便讓雄櫻會勢力大壯。
萬曆二十二年，石英鐘去世，石飛揚被雄櫻會衆擁爲總舵主，雄櫻會名聲更勝，引起了朝廷的注意。
雲海天之子云劍清和石飛紅同門習武，他對石飛紅暗生情愫，不料石飛紅邂逅英俊瀟灑、武功高強的寇振海，竟與寇振海一見鍾情，相識不久兩人便向石飛揚提親。
石飛揚看寇振海無論長相、人品、武功都不錯，自然滿口答應。雲劍清突地絕望了，他心智爲情所狂。
他本是心胸狹隘之人，自思自己得不到的也不能讓寇振海得到，對石飛揚答應寇振海提親更是滿腔仇恨。
石飛紅當時年幼，無意曾透露過自己的先祖母是朱家皇室之後，留下富可敵國的寶藏。
雲劍清找到雄櫻會首席香主、名震江湖的鐵掌吳忠和丐幫新任幫主鍾萬強，把這個秘密告訴了他們。
他添油加醋地稱石家寶藏裡還有一套武功秘笈，他說只要練成了這套心法，就是武林至尊了，若得寶藏也將成爲天下首富。
雲劍清這麼一說，說得吳忠和鍾萬強兩人怦然心動。
吳忠當時年輕，想做雄櫻會副總舵主。
石飛揚看出他的野心，偏不讓他做，並讓妹妹做了副總舵主，把他堵死了。
雲劍清趁機出言挑撥吳忠與石飛揚的關係，說吳忠也是忠良之後，憑什麼寶藏、名利、武功秘笈皆爲石家所得？
雲劍清察言觀色，看到吳忠和鍾萬強既怦然心動，又憤怒異常，便趁機收買吳忠和鍾萬強。
其實，鍾萬強不用雲劍清說服，心中也想殺石飛揚。
因爲，他心愛的女子伊莉：恆山派的女弟子、武林第一美女，在石飛揚與另一少女成親那天，在太湖邊上自盡了。
她是武林武功高強、才色雙絕的美女，令天下英豪爲之傾倒，石飛揚與她也曾經一起共過患難，也曾生死相依，但石飛揚不知何故，卻沒有娶她爲妻。
鍾萬強要爲伊莉報仇，儘管伊莉從未愛過他，也很討厭他。但鍾萬強認爲她之所以討厭自己，便是因爲石飛揚的出現，讓他的美夢成爲泡影。
同時，他也意識到，只要石飛揚活着，自己就永無機會作武林霸主，唯有除去石飛揚，自己才能揚威武林。
雲劍清和吳忠、鍾萬強在寇振海成親前的三天，三人合力設計將寇振海擊傷跌入太湖，再由雲劍清引錦衣衛潛往雄櫻會秘密總舵，殺了雄櫻會總舵近二百人。
恰好雲海天夫婦聽到徒兒石飛紅成親，也趕來祝賀，不料發生變故，便與石飛揚拼死力戰，護石飛紅攜嬰兒逃走，雙雙傷亡。
雄櫻會總舵一干人與錦衣衛交手前，吳忠與雲劍清裝作到處尋找寇振海，溜出了雄櫻會總舵。
待吳忠回到總舵，看到了滿地鮮血，與自己曾經生死相依的弟兄一個個屍首分家。
他心中悲痛萬分，驀地清醒過來，便找雲劍清大打一場，兩人均受重傷。
吳忠大罵雲劍清卑鄙，害人害己，害死了石飛揚夫婦，還害死了自己的父母。
他那一罵也罵醒了雲劍清。
雲劍清把劍遞給吳忠，讓吳忠殺了他，並告訴吳忠：鍾萬強是宮中侍衛，由萬曆帝派出宮中，潛藏江湖，找尋朱文奎後人下落。自朱棣即位起，朱家每位天子皆是如此，武林潛藏的宮中侍衛高手後人不少。
吳忠想起自己也參與了陰謀，下不了手，扔下劍就跑，欲到太湖投湖。
其妻肖玲玲從血水中爬出，稱石飛揚並沒有死，只是身負重傷，被圓癡大師救走了。
吳忠即施救愛妻，夫婦倆從此暗中摸索石飛揚下落。
雲劍清清醒過來，心中愧疚萬分，也曾想過自殺，恰好鍾萬強想趁雄櫻會羣雄與錦衣衛交手時潛入雄櫻會總舵搜索藏寶圖，他搜不到藏寶圖，便救醒雲劍清。
鍾萬強無論武功和姦計都在雲劍清之上。
他走出皇宮，在之前潛藏的一些掌門高手引領下，投入丐幫，一路十分賣力地爲丐幫建功立業，得到了幫主的信任。
他毒殺前幫主，迫不及待地做了幫主，並清除異己，領同由皇宮出來的丁華江、吳柱國等人作了會中長老，牢牢控制天下第一大幫。
鍾萬強救了雲劍清之後，便對雲劍清道：“兄弟，石飛紅下落不明，有朝一日，她若知你設計害了她家人和雄櫻會衆弟兄，絕不會饒你。咱倆何不聯手做到底？只要找到藏寶圖和武功秘笈，金銀珠寶盡歸你，武學秘笈咱倆一起練，然後抓到石飛紅，強迫她做你的夫人，這可是一石三鳥啊。”
鍾萬強後面這話擊中了雲劍清的要害，其實在他心目中，得到石飛紅比什麼都重要。
雲劍清原本清醒的心智又糊塗起來，忙道：“鍾兄，請指教，小弟如何才能得到紅妹？”
鍾萬強陰險地笑了笑道：“你自創幫會，表面行俠仗義，暗探石飛紅的下落，鍾某派丐幫弟子相助於你。如何？”
雲劍清此後便依言而行，創立了六合幫，從此表面上行俠江湖，以仗義扶弱爲己任。
他瞞着幫衆，暗地裡卻與鍾萬強勾結，拐騙民女，燒搶擄掠，積蓄財富，壯大六合幫。
後來雲劍清多次遇上石飛紅，但無論如何也騙不了石飛紅的藏寶圖。慢慢地，他也死心了，決計誅殺石飛紅，徹底掩藏當年引兵屠殺雄櫻會的陰謀。
天啓初年，石飛紅因石劍之事轟動江湖，被扣留在丐幫總舵裡，雲劍清與鍾萬強借故離開，暗中煽動武林中人圍殺雄櫻會，好在雄櫻會好漢武功高強，捨身相護石飛紅逃離。
隨後，魏秋婷又及時出現相助，吳忠夫婦也暗助賴得出、來夥添二人逃離，妙悟真人更爲護石飛揚名聲而自斷經脈。
鍾萬強詭計一敗塗地，只好另想法子剷除雄櫻會。
豈料石飛揚出事前聲名甚好，石飛紅甚得東南武林中人相護，雄櫻會始終無事。
丁華江策劃的雄櫻會內訌事件又因石劍資助公孫文而功虧一簣。