回到東都之後項玉趕到了軍營裡面，這個時候皇城裡面的大火已經撲滅，明軍士兵也已經打掃完了戰場，只是城中的清理工作還在繼續進行，只怕還要持續一段時間，項玉之前一直在考慮打完東都這一戰之後明軍下一步應該怎麼做，要不要馬上調過頭去進攻臺東，這個時候他已經不那麼急迫了，東都的局面還沒有穩定住，明軍這個時候去打臺東不是太好，這樣一來東都的恢復恐怕要花上很長時間。
所以項玉還是決定先集中人力物力將東都恢復好了之後在行決定，東都目前首先要做的事情就是改名字，畢竟東都這個名字是樑軍自己取的都城的名字，這個時候已經明顯不再適用了，至於東都的名字改成什麼，項玉心裡早有腹案了，就叫臺南吧，畢竟後世它也是這個名字的。
明軍在這一整個戰爭中間一共戰死了四百六十九人，有一千一百多名傷員，其中大多數都是之前巷戰中的箭傷，並不是很嚴重，加上明軍軍中有完善的醫療護理隊伍，因此經過一段時間的治療之後，傷兵中間的大多數輕傷的士兵都已經沒什麼大礙了，只需要修養一段時間就能夠回到軍中作戰了。
這段時間可算是忙換了軍中的醫生和護士了，由於軍中的男性數量要遠遠大於女性，所以明軍的士兵們平時就很喜歡經常跑去傷兵營去逗弄這些女護士，後來項玉出於安全方面的顧慮，派出了一批士兵保衛傷兵營的安全，防止其他人的騷擾，這種現象這才稍稍好轉，但是自此之後便經常有士兵因爲頭疼腦熱、感冒發燒跑進傷兵營裡面去。
項玉對此也沒什麼好辦法，只能稍微限制一下，這一次軍中的傷兵暴增，這些個傢伙們終於找到了冠冕堂皇的理由光明正大的進出傷兵營了，不過一個傷兵可不是那麼好當的，明軍護士給傷員清洗傷口都是用的鹽水，項玉記得後世醫院裡面的輸液用的生理鹽水是0.9%的濃度，這個眼下沒辦法精準計算，只能大致加些鹽配置成接近生理鹽水的濃度來給士兵們清洗，水裡面含鹽對傷口的刺激可是不小的，不是有種說法叫做往傷口處抹鹽嗎？雖然生理鹽水的濃度比較低，但是還是疼的這些傷兵們齜牙咧嘴，好了嘛，這下子他們知道傷兵不好當了吧。
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項玉自己到傷兵營中巡視一圈之後心裡面放心下來，雖然護士門的工作量比較大，需要照顧的病人比較多，醫生的數量也不夠，但是士兵們的傷勢並不是很重，要知道在古代傷兵的致死率是非常高的，接近百分之七十的殘死率，即使在兩百年後的克里米亞戰爭之中，當時醫學技術已經得到了較大的發展，可是傷兵們的死亡率還是高達百分之五十，但是明軍的傷員中間並沒有出現這麼這麼高的死亡率，一方面是因爲明軍軍中的醫療護理條件比較好，救治的比較及時，另一方面要歸功於之前專門爲每一名士兵裝備的小型急救包，這個小包在戰場上使用起來比較方便，這個時候的傷兵因爲戰傷死亡主要由於兩個原因，一個是傷口失血，一個則是傷口感染。明軍的這個急救小包可以在士兵們受傷之初就由士兵的同伴或者傷兵本人自己行給自己的傷口止血，可以有效地減少傷口處的失血，又能起到傷口跟周圍環境隔絕的效果，以防止進一步的感染，給後續醫療護理傷口清創提供了時間。
這一仗明軍雖然傷亡比較大，但是跟樑軍的傷亡情況比起來，那時要好得多，樑軍一共戰死了超過六千名士兵，有將近三千兩百名傷員，這些傷員跟明軍還不太一樣，他們大多數都是槍傷和炮擊傷，要比明軍嚴重很多，因此短短兩天的時間裡面，樑軍的傷兵就已經死去了超過三分之一了，這倒不是明軍這邊偏心或者照顧不夠，主要是他們的傷情和失血情況使得他們的救治變得比較困難。
除了傷兵以外，明軍一共俘獲了一萬一千名樑軍士兵，他們之中大多是都是戰前剛剛招募的新兵，項玉將他們交給明軍去城中各處清理幹活，完事之後就會將他們放回家去，他們之中如果有人願意留在明軍中間，項玉自然也不會拒絕的，但是對於那些樑軍之前的老兵，他們可沒有這麼好的運氣了，由於樑軍軍紀散漫，而且喜歡吃拿卡要，所以項玉並不打算接納這些老兵，儘管他們是鄭成功帶出來的，底子還不錯，但是如果一個人變壞了，再讓他變好是很難的，項玉不想在這上面花時間，乾脆將他們全部打發道礦上去上工算了，反正日軍戰俘很快就要被送回日本去了，礦上這個時候正好比較缺乏人力。
除此之外，明軍一共繳獲了長短槍三千五百餘支，火炮三十五門，冷兵器上萬件，火槍全都是老式的火繩槍，這些對於項玉來說沒什麼意義，明軍也用不上，也許還能發給民兵士兵，畢竟這個時候民兵的隊伍還在不停的擴張，至於繳獲的冷兵器項玉就完全沒有了興趣。
另外明軍還從三座城裡面搜出了大量的黃金白銀和一些珠寶首飾，其中黃金一萬三千五百兩，白銀一百五十萬兩，珠寶首飾若干，這些大多數是這些將領們的私人財產了，鄭成功的父親鄭芝龍是海盜起家，他手底下的將領自然都有一定的私財，這些也都不奇怪，加上之前荷蘭人留在城中的財產，這些加起來都被明軍繳獲了，馮信逃跑的比較匆忙，並沒有攜帶很多的財寶隨身，因此明軍的收穫還是比較大的。
這筆錢可謂是大大緩解了項玉眼下的財政緊張，明軍和基隆城之前的一些列發展消耗了大量的金錢，雖然這個時候基隆城裡面已經有了一定的稅收，但是這跟明軍在基礎設施建設、科技研發、武器製造、士兵的軍餉所產生的消耗比起來實在是入不敷出，而且這個時候基隆的商業還處於起步階段，也不能增加稅率，所以明軍的財政越來越吃緊。
儘管項玉很早之前就定下了以戰養戰，通過對外戰爭來獲得收益反哺給自身的發展，但是真正到了戰爭將要打響的時候才知道原來打仗也是很消耗財力的，戰爭就像是一場豪賭，賭贏了就大賺特賺，一本萬利，賭輸了的危害那真的是難以形容。
明軍在臺南一直停留了一個多月的時間，終於將城內之前的破壞清理乾淨了，樑朝的皇城此時也已經被明軍拆毀了，剩餘的宮殿改造了一下，做成了明軍在臺南的政府辦公點。
隨着局勢的日漸穩定，之前逃走的一些百姓此時也陸續返回了臺南，項玉也派人幫助他們重建家園，並且交給他們種植紅薯的技術，只等下一季紅薯收穫了之後就將種子分發給廣大農戶，其實紅薯是可以根莖採摘生長的，但是由於技術部成熟，項玉擔心一旦弄不好農民們地裡面再種植別的作物就來不及了，因此並沒有推廣這一技術。
此時臺南周圍之前種下去的早稻已經陸續到了收割的季節，明軍士兵們幫助農民們搶收稻穀，這裡面有很多土地的主人已經跑了，所以明軍自己也得到了不少的糧食，這也使得明軍的後勤隊們可以稍微的鬆下一口氣了，這段時間爲了維持幾千大軍的糧食和物資供給，可把他們累的夠嗆。
解決了臺南的事情，項玉眼下就面臨着臺灣最後的一個割據勢力，臺東的李雲聰了，這傢伙手裡面還有五千士兵，佔據着臺東一點動靜也沒有，整個東都戰役期間他都沒什麼反應，項玉自己也都有點疑惑，不知道此人心裡打的什麼算盤，說他聰明那也是真的聰明，早在戰前的一些列舉動就成功的騙過了明軍，因此項玉纔會有點重視這個對手，甚至擔心他會趁着自己和樑軍主力在東都城下決戰之際率軍偷襲自己，因此在東面佈下了許多眼線，但是這人卻並沒有這樣做，雖然東都之戰結束的很快，但是他不可能一點動作也沒有啊，可是卻完全沒有發現他有任何一點點的動作。
項玉摸不清李雲聰想要幹什麼，其實後者這個時候也在猶豫，李雲聰確實沒有想要趁着明軍和樑軍決戰之際趁機偷襲，這並不是說他沒有眼光，只是他心裡似乎覺得像馮信這麼弄下去臺灣是好不了的，反而由於他所在的地方比較靠近基隆，因此從一些從基隆過來的商人哪裡瞭解了一些基隆發生的變化，他對項玉這個以前名不見經傳，但是此時卻已經是臺灣島內如日中天的人十分欽佩，欽佩他在那種條件之下竟然短時間之內從無到有，從弱到強一步步的將基隆這個地方建設起來，不僅如此，他手底下的明軍的戰鬥力和樑軍相比確實是要高出不少，不僅是武器裝備更加優良，而且軍隊從士兵到將領的面貌都顯得朝氣蓬勃，這又讓他有些羨慕。
李雲聰今年不過二十三歲，他還很年輕，他不想默默無聞的度過一生，總想要幹幾件轟轟烈烈的事情，再加上他是一名漢人，面對此時祖國山河淪入異族之手，他無時無刻不在想着要怎麼恢復漢人的大好河山，因此他纔沒有出兵，因爲他不想對一個和自己志同道合的人動手，這是漢人的最後希望，李雲聰不允許他毀滅在自己的手中。
考慮了良久，李雲聰終於下定了決心，他取出紙筆，提筆寫下一封書信。