天下主要的反元勢力，除了明教之外，還有姑蘇張士誠、台州方國珍。他們雖然和明教一樣都是反元，可對明教卻並不友好，三番四次和明教作對。明教向要北伐，就必須要現將這兩方勢力解決，才能沒有後顧之憂。所以慕容燕便派徐達爲主將，去征討張士誠，又派常遇春爲主將，去征討方國珍。
此時明教東西兩路義軍合二爲一，勢力大增，兼之又有五行旗勁旅相助，沒過多久，這兩股勢力便先後被平定。捷報傳回後，應天城舉城沸騰。
慕容燕的書房內，明教諸首領齊聚一堂，談論着剛收到的戰報。
彭瑩玉道：“這下好了，張士誠和方國珍被剿滅後，我軍再無制累，從此全力北方，滅元之日指日可待了。”
楊逍道：“本教自蒙古入寇中原開始，就一直致力抗元，時至今日，終於就要成功了。”
明教衆首領憶及往昔反元的坎坷經歷，都是不勝唏噓。
慕容燕道：“雖然現在形勢一片大好，但元廷實力依然雄厚，各位萬不可就此大意。”
衆人齊聲應道：“是。”
慕容燕頓了一下，又道：“眼見反元大業就要功成，咱們是不是也該考慮一下之後的事了？”
楊逍、範遙等互相對望了一眼，不解其意，便問道：“教主想說什麼？”
慕容燕道：“本教的教義是濟世救民，所以聖火令第一大令，要求教衆不得爲官做君。雖然迫於時局，咱們不再遵守這第一大令。但本教濟世救民的宗旨不能變。然皇帝和百姓的視角不同，立場不同，做皇帝的人不是個個都爲百姓着想，所以最近我時常在想怎樣才能調和這個矛盾。”
彭瑩玉道：“只要教主日後做了皇帝，能夠勤政愛民。不就解決這個問題了嗎？”
慕容燕搖頭道：“縱觀古今，歷朝歷代都是開國清明，中期渾濁，後期糜爛，及至亡國時，積重難返。無可挽回。以我觀之，之所以會如此的原因有很多，但有一個原因是無論如何也繞不過去的，那就是皇帝。自禹亡啓繼以來，中華兩千多年來的皇位都是父子傳承。父親是皇帝。那麼不管兒子賢與不賢，都可以做皇帝。一個王朝數百年，這期間只要有一個昏聵之君，就會導致國事艱難。我若做了皇帝，就算我能夠勤政愛民，可我的後代呢？誰又能保證他們也個個愛民如子呢？”
這事實在沒法保證，衆人又對望了一眼，皆無話可說。
隔了一會兒。殷天正道：“這也是沒法子的事。任誰做了皇帝，都會如此吧？”
慕容燕道：“正因如此，所以咱們纔要解決這個問題。斷不能讓‘興。百姓苦。亡，百姓苦。’的事在我明教建立的王朝中出現。”
範遙道：“那教主說應當怎麼辦？”
慕容燕道：“橫觀江湖，包括我明教在內的各幫各派，沒有任何一個家首領的位置是父子傳承的，我明教歷代教主之間也毫無血緣關係。既然如此，我們爲什麼以此爲借鑑。改變中華兩千多年來家天下的局面呢？”
聽聞此言，楊逍等都感震驚莫名。在當今之世。皇位父傳子、子傳孫早已成爲了天經地義的事。即便是皇帝本身沒有兒子，也會從宗室中過繼一個來繼承皇位。誰也不會去想皇位還能傳給其他人。慕容燕的這番話，無疑爲衆人打開了一番新天地，楊逍等只覺一扇前所未有的大門在自己面前打開。
過了好一會兒，楊逍才定下心神，道：“那教主具體打算怎麼做？”
慕容燕道：“目前，我只是有這樣一個想法，還沒有具體的章程，所以才說出來，希望大夥兒能羣策羣力，商議出一個好辦法來。不過，此事倒不急馬上決定，現在咱們還是以反元爲首要之務。大家回去後，都好好想一想，看看具體該怎麼做纔好。”
楊逍等突然接收了如此驚人的信息，一時都還有些心神不定，便相繼告辭而去。
慕容燕今天與楊逍等所說的那些話，並不是一時衝動，而是早有考量。他很久以前就有了廢除皇帝制的想法，原因一方面就向他剛纔所說的，一個人能否成爲皇帝不看才能，只看出身，不利於國家的發展。另一方面也是因爲，他根本就不可能長久的留在這個世界。慕容燕早晚有一天是要離開這個世界的，他不可能像這個世界的其他人一樣，在這個世界裡過一輩子。他在趕走蒙古人，建立明朝以後，要不了多久就會離開，不可能留下子嗣，等他長大，再將皇位傳給他。而慕容燕在這個世界也沒有其他親屬，若他當皇帝，當他離開時，皇位無人繼承，勢必引起天下的混亂。與其如此，倒不如一開始就在制度上留下解決的方案。
也有人會說，要是這樣，那爲什麼不像原來的歷史一樣，乾脆就讓朱元璋做了皇帝。那是因爲，在教內威望不足，做不了教主，而他能成事，又借明教之力頗多，所以他爲了擺脫明教的影響，事後一定會對明教進行殘殺鎮壓。這一點在原來的歷史上已經證實，朱元璋登基之後，下令嚴禁明教，將教中曾立大功的兄弟盡加殺害，徐達、藍田、傅友德等盡遭毒手。
慕容燕做了許久的明教教主，自是不忍心見教中兄弟慘遭殺戮，所以這天下是不能讓出去的。
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平定了張士誠和方國珍後，慕容燕決定起兵北伐，他任命徐達爲元帥，常遇春爲先鋒將軍，進軍山東。而此時元軍的統帥則是汝陽王李察罕。明軍此時合二爲一，又剛剛戰勝了張士誠和方國珍，士氣高昂，慕容燕對徐達也是信任有加。將前線的事全權託付。而元軍則因爲履歷敗陣有些士氣低迷，統帥李察罕也因戰功卓越而受到元順帝的猜忌，雖頗有時局，元順帝不得不派他領兵，但卻有頗多羈縻。兼之徐達的軍事才華不弱於李察罕。所以兩軍交戰三個月後，明軍大敗元軍，佔居了山東全境。
山東是直隸的最後一道屛壁，明軍佔領了山東後，就可以直接進攻直隸，進而直上大都。慕容燕得到消息後。決定親赴前線，主持這滅元的最後一戰。而位於後方的應天，則交給了剛剛投奔明軍的劉基，慕容燕命他負責北伐大軍的後勤。
……
半年後，大都城。只見城頭上殺聲如雷，箭矢如雨，兩隻軍隊正在圍繞着城池的歸屬而進行着激戰。
早在五個月前，明軍就已經攻到了大都城下，可大都不愧爲元廷的都城，明軍攻打了五個月，都沒有攻下來。但歷經五個月的強攻，大都也已是強弩之末了。
突然。緊閉的城門被緩緩打開，位於城門外的明軍高聲叫喊着“城破了！”衝進了城門……
元順帝至正十八年，歷經五個月的奮戰。明軍終於攻破了大都城。元順帝逃往漠北，威震世界的元蒙帝國就此覆滅。
滅亡了元朝後，慕容燕在大都宣佈正式建國，國號爲“明”，改大都爲北京，定位都城。改元“慕平”，定明教爲國教。並在全國各地修建大光明寺。爲了使明教能更爲中原人士所接受，慕容燕組織人手。參考釋、道、儒三家典籍，開始修改教規、教義，將赤身安葬等不被中原百姓接受的規矩盡數廢除，但濟世爲民等主要宗旨沒有變。
慕容燕仔細考量後，借鑑基督教和伊斯蘭教的制度，在新國家採用了政教合一的政體。國家的最高首腦稱爲教皇，同時也是明教的最高首腦，慕容燕爲明朝第一代教皇。在教皇之下，設有十二名聖火使，輔佐教皇，原有的光明使者、法王、散人等職務盡數取消。
雖然聖火使是明教中教皇以下的最高職務，但原明教高層卻並無多少人位列其中，十二名聖火使中大半是像劉基、朱升這樣後加入的謀臣。蓋因聖火使不但是明教中的重要職務，同時還肩負着治國的重任。像殷天正、韋一笑等原明教高層，雖然武功高強，但卻並無多少治國才能，若是讓他們擔任瞭如此重任，那必定將國家治理的一片混亂。所以原明教高層中，最後只有楊逍、範遙、彭瑩玉、鐵冠道人四人成爲了聖火使。
爲了不虧待許多不適合做官的原教中功臣，慕容燕特設了元老院來安置他們，殷天正、韋一笑、周顛、冷謙、說不的等都加入其中。慕容燕還規定，除教皇是終身制以外，其餘官員包括聖火使在內，都要在七十歲致仕。而到達一定品級的官員，致仕後就可加入元老院。元老院最重要的一項職能就是任免教皇。爲了限制教皇，防止他胡作非爲，現任聖火使中有三分之一的人提議，就可以召開元老院會議。在會議上，有超過三分之二元老同意，就可以罷免教皇。當老教皇去世或卸任後，元老院中的元老就要用投票的方式，在現任的十二名聖火使中選出新的教皇。
慕容燕在趕走了蒙古人後，又相繼派兵平定了西域、雲南、四川等地，將中華徹底統一。
兩年後，慕容燕見國事日漸平穩，新生政權日漸安定，便決定離開倚天的世界。於是他召集羣臣，宣佈了退位的決定。羣臣不明他爲何突然在正如日中天的時候要退位，紛紛進言苦勸，往他收回成命。但慕容燕心意已決，堅決要退位，羣臣無法，只得由着他。慕容燕退位後，等待元老院選出新的教皇后，就在教皇宮前的廣場上，攜趙敏、周芷若、小昭、黛綺絲四女一起回到了九空無界。
趙敏、周芷若、小昭三女早已情繫慕容燕，不論慕容燕到哪裡，她們都會追隨。而黛綺絲會和慕容燕一塊走，則是因爲小昭。經歷了這麼多年的風風雨雨，紫衫龍王除了小昭這個女兒外，在這世上已經再無牽掛。當她聽說小昭要跟慕容燕離開，再也不會回來後，就義無反顧的要求要隨行。
因爲慕容燕是在教皇宮前的廣場上離開的，當時目睹了他消失過程的人衆多，消息傳出後，人們對於這種不能理解的現象展開了各種猜測。時間久了以後，倒是在倚天世界留下了一個“第一代教皇是明尊派下來的使者”的傳說。