發生於西苑的刺殺案很快就被東廠和錦衣衛查得清清楚楚。皇太極被殺，首級被錦衣衛送給了林丹汗。林丹汗一直不滿意一些部落與建州暗通款曲，正想着要殺雞駭猴，於是將皇太極的首級用石灰醃好，然後讓一隊蒙古騎兵護送着明朝錦衣衛指揮使吳孟明，到蒙古各部落進行巡展。
第一站便是與建州交好的科爾沁部落。科爾沁貝勒寨桑面色蒼白，他的姐姐哲哲嫁與皇太極，他是名副其實的建州親戚，這是沒有辦法否認的。此時見到皇太極首級，首先想到的是要爲自己的部落找一條路。
寨桑熱情地招待了吳孟明，送給他大量的金銀珠寶。吳孟明推脫道：“貝勒，我們有規定，不能收受禮物。”
寨桑做了一個瞭然的表情道：“不是送與指揮使的，只是錦衣衛忠心爲國，想請指揮使替我們犒勞一下而已。”
吳孟明心想，錦衣衛要你來犒勞嗎？不過他打定主意，將收受的財物登記好，回國後交上去就行了。只要自己不貪，皇帝不會說什麼的。於是就半推半就地接受道：“既然貝勒有這份心，那我就代兄弟們收下了，謝過貝勒的慷慨。”
見吳孟明收了東西，寨桑心中大定。他笑着說道：“不知大明皇帝陛下對我草原女子是什麼看法。在下有兩女，一名海蘭珠，一名布木布泰，今年十六歲和十三歲，正是花一般的年紀，被稱爲科爾沁的雙子明珠。有意敬獻給大明皇帝，還請指揮使成全。”
皇帝不好女色，這是大明衆臣都知道的，吳孟明自然不會答應：“貝勒，我家皇帝陛下一直不好女色，現在都只有一後二妃，只能多謝貝勒的好意了。……您剛纔說您女兒叫什麼？”
寨桑正在沮喪，不想吳孟明突然問起女兒名字，下意識地說道：“小女名海蘭珠和布木布泰。”
吳孟明沉吟不語，上次駱思恭說過，陛下似乎對一個叫木布泰的科爾沁女子有些意思，這個布木布泰會不會就是木布泰。
他爲了保險道：“請問貝勒，科爾沁可有一個叫木布泰的女子？”
寨桑道：“沒有叫木布泰的，不過小女布木布泰也叫做本布泰。”
吳孟明心想，應該就是這個女子了。想不到皇帝陛下好這口，十三歲的女孩子，嗯嗯，正是身輕體柔的時候。他說道：“既然貝勒對我大明皇帝如此恭敬，那我在巡查完後將貝勒兩女護送回京城，敬獻給我皇。”
寨桑見竟然有如此峰迴路轉之事，自然是喜不自勝。他笑道：“指揮使先去巡視，我們部落會將兩女嫁妝準備齊全，等指揮使回來時再一起隨着回京。”他將兩女獻給大明皇帝，那大明也不會再追究他們部落往日裡和建州的一些小事情了。
吳孟明繼續他的巡查，這一行的目的就是要震懾蒙古人，讓他們知道大明皇帝的威嚴與仁慈。對於收蒙古人之心是非常重要的一件事。
經過由大理寺卿組織的特別法庭審理後，王洽被剮於西市，張惟賢被腰斬棄市，王治被斬首示衆，其他人犯均被斬首或者處以絞刑。
而藉此機會，皇帝又以心懷怨意的罪名，罷黜了一部分和王洽氣味相投的朝廷官員，其中大部分是東林人。而且還規定，以後京師大學堂招生，將不再允許在東林書院進修過的學子報名。
這個決定讓方從哲等人拍手相慶，而葉向高等人則大爲沮喪。這天閣臣開會時，葉向高道：“陛下，不準東林人報考京師大學堂，一來對東林人不公，二來會激起他們心裡的怨氣，而對陛下的政策說三道四，老臣以爲，這殊爲不智。”
朱由校說：“朕不過是不准他們報考京師大學堂而已。古語有云，道不同不相爲謀。東林興理學而棄心學，朕欲興心學而棄理學，既然方向不同，那又何必強求。再說朕只是不要他們報考京師大學堂，又沒有說不讓他們參加科舉。另外，如果想要報考京師大學堂也行，只需要寫一紙聲明，表示不同意東林書院的理學觀點，而擁護朕所提倡的心學，那麼還是可以報考的。”
葉向高道：“陛下，老臣看陛下平日所說，便是要聽百家之言，東林雖然與陛下所持相左，不也是可以爲他山之石嗎？”
朱由校笑道：“葉師，您所說的正是朕所想的，確實是要聽百家之言。但聽取百家之言，是朕最後的目標，在實現這個目標的過程中，如果有人或者團體與朕看法不同，朕是不會聽的。朕對東林人的看法與葉師，與朝中衆臣都有不同。不是說出自東林書院的人就是東林人，而是隻要與朕的想法相左的就是東林人。”
“朕想要限制皇權，朕想要讓每個人都平等，朕想要這天下的官員都不貪污，哦，這個是不可能的，但是可以想辦法，讓他們不敢貪污，一貪污就會被捉住。這些都是朕的想法，而要實現朕的想法，那就首先要樹立朕的權威。要讓朕說的話，天下人都擁護，當然，全部擁護是不可能的，但作爲讀書人，至少不能公開反對。”
“葉師自然知道《東林會約》，裡面規定以會籍登記書院講會同人，會中稱同志友、同志、吾黨、各郡各縣同志、同志會集等，他們集在一起，諷議朝政，裁量人物，這還是學院嗎？這是要講學嗎？這是要公然與朕作對。試問葉師，如果您坐在朕的位置上，您能容忍嗎？”
“本來朕是準備禁燬東林書院的，但後來想了一下，東林人也並不是全部如此，象葉師，孫閣老都是明白人，如果禁燬書院，則會讓諸位面子上不好看。所以最後才決定用這樣的方法要警示他們，希望他們不要做得太過火。”
朱由校其實說得已經是比較隱晦了，如果真的禁燬東林書院，則大臣們一定會攻擊葉向高和孫承宗等人，必讓他們下臺才安心。
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